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万見
- PDB-3ife: 1.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase T (pepT-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ife
タイトル1.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase T (pepT-1) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'.
要素Peptidase T
キーワードHYDROLASE / peptidase T / pepT-1 / metallopeptidase / Aminopeptidase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / peptide catabolic process / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase M20B, tripeptide aminopeptidase / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 ...Peptidase M20B, tripeptide aminopeptidase / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Peptidase T
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase T (pepT-1) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7338
ポリマ－48,7021
非ポリマー1,0317
水10,557586
1
A: Peptidase T
ヘテロ分子

A: Peptidase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,46616
ポリマ－97,4052
非ポリマー2,06114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area34970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.216, 142.739, 40.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Peptidase T / Tripeptide aminopeptidase / Aminotripeptidase / Tripeptidase


分子量: 48702.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS3588, BA_3872, GBAA_3872, pepT, pepT-1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q81WU4, tripeptide aminopeptidase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 591分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 7.5mg/mL, 0.25M NaCl, Tris-HCl pH(8.3); Screen solution: JCSG+, E2, 0.2M NaCl, 2M Ammonium sulfate, 0.1M Na-Cacodilate pH(6.5) VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature ...詳細: Protein solution: 7.5mg/mL, 0.25M NaCl, Tris-HCl pH(8.3); Screen solution: JCSG+, E2, 0.2M NaCl, 2M Ammonium sulfate, 0.1M Na-Cacodilate pH(6.5) VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K; Cryo: 25% Sucrose, 1.8M Ammonium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月22日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 77209 / Num. obs: 77209 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3814 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
CRANK位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fno

1fno


解像度: 1.55→29.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.442 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic, individual. / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17173 3863 5 %RANDOM
Rwork0.14836 ---
all0.14954 73110 --
obs0.14954 73110 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å2-0 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 59 586 3927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9765149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87936167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.195487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.92525.751193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.07915650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6611514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.52272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2881.5917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48123721
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66431490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3294.51422
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 265 -
Rwork0.2 5361 -
obs-5361 99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.31270.3113-0.17111.06730.48811.1619-0.11710.3374-0.1037-0.05460.08150.0433-0.0643-0.08120.03570.080.0152-0.00380.1451-0.04340.018462.549935.04878.2174
21.87680.15680.01150.45140.0610.6878-0.0610.0881-0.24040.03030.01-0.01780.0276-0.03250.0510.06470.0250.00440.0574-0.02670.038163.518532.744217.3071
30.9817-1.2987-0.18842.34360.22170.2524-0.0537-0.08190.05190.0820.0412-0.2124-0.0122-0.01420.01250.05930.0091-0.00390.0441-0.00010.040388.543416.023633.083
41.4863-0.02030.19240.774-0.04210.5475-0.0556-0.0647-0.1190.10280.0050.0138-0-0.00180.05060.08140.02010.00270.0555-0.0080.02266.45234.035825.3137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3A208 - 349
4X-RAY DIFFRACTION4A350 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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