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- PDB-3ifa: Human muscle fructose-1,6-bisphosphatase E69Q mutant in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ifa
タイトルHuman muscle fructose-1,6-bisphosphatase E69Q mutant in complex with AMP
要素Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
キーワードHYDROLASE / gluconeogenesis / glyconeogenesis / muscle fructose-1 / 6-bisphosphatase / protein engineering / calcium inhibition / Allosteric enzyme / Carbohydrate metabolism / Magnesium / Metal-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / Gluconeogenesis / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / anchoring junction / gluconeogenesis / Z disc ...sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / Gluconeogenesis / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / anchoring junction / gluconeogenesis / Z disc / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Kolodziejczyk, R. / Zarzycki, M. / Jaskolski, M. / Dzugaj, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of E69Q mutant of human muscle fructose-1,6-bisphosphatase
著者: Zarzycki, M. / Kolodziejczyk, R. / Maciaszczyk-Dziubinska, E. / Wysocki, R. / Jaskolski, M. / Dzugaj, A.
履歴
登録2009年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
B: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
C: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
D: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,85427
ポリマ－146,6644
非ポリマー3,19023
水11,710650
1
A: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
B: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
ヘテロ分子

A: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
B: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,13430
ポリマ－146,6644
非ポリマー3,47126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area22610 Å2
ΔGint-299 kcal/mol
Surface area44740 Å2
手法PISA
2
C: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
D: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
ヘテロ分子

C: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
D: Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,57424
ポリマ－146,6644
非ポリマー2,91020
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area21210 Å2
ΔGint-275 kcal/mol
Surface area44590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.11, 234.26, 71.94
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase isozyme 2 / FBPase 2 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase 2


分子量: 36665.910 Da / 分子数: 4 / 変異: E69Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 8789 / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL2-blue / 参照: UniProt: O00757, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE PROTEIN BASED ON REFERENCE 1 AND 4 OF UNIPROTKB/SWISS-PROT O00757 (F16P2_HUMAN). ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN BASED ON REFERENCE 1 AND 4 OF UNIPROTKB/SWISS-PROT O00757 (F16P2_HUMAN). V85L IS NATURAL VARIANT OF F16P2_HUMAN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10% 1,4-dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日
詳細: two mirrors and double crystal monochromator between them
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 138317 / Num. obs: 128249 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.93→2.01 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7828 / % possible all: 57.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0089精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1fj6

1fj6


解像度: 1.93→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 7.001 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: Rfree / σ(I): -2 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1989 1289 1 %RANDOM
Rwork0.16815 ---
all0.16847 138317 --
obs0.16847 126899 92.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.13 Å20 Å20 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---3.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9825 0 193 650 10668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02210074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6972.00413689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.011316431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.27751311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39924.743369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.837151687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1131541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8451.56430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2481.52655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.505210316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5833644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1044.53358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.925→2.029 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 102 -
Rwork0.248 11626 -
obs-11626 58.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.34371.32140.96933.9509-0.06222.2994-0.05010.83050.1277-0.4460.0420.0324-0.06180.05330.00820.3175-0.0352-0.12470.23270.05990.1455-18.1893-62.106417.3238
25.22770.16353.32361.42940.18022.678-0.1423-0.02950.32970.11010.05720.1154-0.13030.01240.08510.20270.0044-0.03270.1276-0.00450.0703-10.5264-63.697137.3838
32.93372.29090.57212.68071.35081.55990.0405-0.40710.09480.3298-0.06420.12050.1015-0.02610.02370.27750.07990.01180.27950.00690.1143-20.1724-68.383841.056
49.8077-0.08433.5641.72250.70952.682-0.0997-0.29130.01550.15540.04330.0373-0.0276-0.06940.05630.2033-0.0159-0.02120.11270.02440.0771-15.0553-74.820833.9643
55.05830.9981-1.37723.4644-0.13813.9814-0.1090.4387-0.0175-0.0003-0.05421.02240.181-0.82040.16310.1826-0.0336-0.04870.2787-0.02730.3654-32.02-77.577328.7386
62.09080.69090.11833.28670.5651.798-0.10320.24640.234-0.37340.0901-0.0762-0.19320.04490.0130.2022-0.0114-0.05030.15990.02990.0537-8.1765-70.852923.4041
72.80080.5331-0.62554.3389-1.93974.5713-0.0305-0.0114-0.2779-0.0326-0.0478-0.04210.2550.04610.07820.1459-0.0037-0.0260.1315-0.01450.037-5.9292-98.497231.2898
81.9344-2.09060.22937.56390.98133.2475-0.160.16-0.08470.00440.05520.15470.07280.06750.10480.0938-0.0541-0.00990.12850.01310.014-1.8717-90.876527.8448
93.5212-1.2368-0.4592.8691-0.11482.106-0.1053-0.15530.05340.18920.07010.2664-0.01030.04610.03530.1502-0.0413-0.02260.1262-0.00660.0517-15.6004-87.687231.9075
100.913-0.9572-0.16643.90461.39191.214-0.06380.0742-0.22820.0754-0.03670.51490.1971-0.12570.10050.1507-0.0375-0.02450.1813-0.00680.0949-18.261-93.57826.7967
114.0547-0.32331.52222.4092-1.46066.7393-0.131-0.1930.34510.00110.02940.49790.0335-0.55460.10160.2571-0.0388-0.13360.19170.04730.2874-22.5513-52.054123.7461
122.6523-1.92381.6031.5057-1.2662.21180.01350.24940.3549-0.1716-0.1028-0.28190.0590.28750.08930.3422-0.0671-0.01780.21030.00820.20763.9982-49.481724.9294
132.8376-0.41710.68772.2374-0.14533.9316-0.0670.38350.1914-0.42030.1026-0.2429-0.12090.2441-0.03560.299-0.0248-0.05980.22780.11720.177-5.3448-43.764714.2868
144.0169-0.5738-0.84653.7552-1.15845.0933-0.05250.81070.3178-0.93950.01470.41030.1855-0.53540.03780.4335-0.0495-0.15980.37430.15650.2914-15.7575-38.70647.2451
152.124-0.98940.48512.0088-0.75512.5784-0.04670.13240.3318-0.10850.04720.234-0.0729-0.1735-0.00060.1536-0.014-0.10150.14250.06860.2183-14.982-40.343426.2864
169.5283-6.43831.00218.5617-2.21221.5533-0.0249-0.00540.04110.109-0.02530.09480.0739-0.06380.05020.208-0.0123-0.02650.17890.01560.1426-14.2247-48.55434.597
173.9411.7677-0.18924.1903-0.86191.9039-0.00510.02590.5210.1353-0.0283-0.0124-0.2883-0.00850.03350.20580.0271-0.11660.15380.03140.4036-7.4513-17.308131.8436
184.5413-0.42430.19197.44782.76592.5972-0.0326-0.17520.4380.10780.02570.1889-0.1154-0.13750.0070.17420.0149-0.09670.16810.06980.2833-8.5456-23.716236.8506
191.1175-0.1128-0.38812.3960.70412.34-0.05760.16060.4137-0.31550.05440.0534-0.0610.05920.00320.1957-0.0089-0.12350.18380.15120.3596-11.5303-25.483221.1451
205.33050.9429-0.03879.34190.64912.02010.0880.22580.43030.07410.13280.1021-0.47-0.0251-0.22080.27170.0082-0.04160.25960.05820.375-14.9987-10.430325.0594
211.65270.20590.40483.05992.00732.9172-0.0599-0.03160.16760.0037-0.03430.2312-0.09220.02470.09410.10260.0021-0.01180.1646-0.05150.2059-45.1766-104.75395.6472
223.91760.1364-1.14677.77573.18087.6914-0.14550.57030.0033-0.6461-0.18440.2633-0.1748-0.02440.32990.199-0.0279-0.10090.206-0.02780.1558-41.702-97.6414-3.2984
233.92650.5445-0.60283.798-0.17224.27970.01880.24550.5745-0.2321-0.07930.2272-0.5216-0.06880.06040.2483-0.0361-0.12570.1539-0.00960.2235-38.3268-88.24352.6236
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252.7030.53280.64464.348-2.23935.031-0.2136-0.00410.94770.37330.09350.1809-0.96580.09330.12010.31-0.0566-0.06410.194-0.06460.3581-31.1809-86.019110.4956
263.27170.44380.19230.83210.32341.5317-0.0832-0.2561-0.12470.1355-0.01610.25140.0804-0.05370.09940.1544-0.00160.0350.1527-0.0180.1108-33.0631-111.163612.6829
272.23741.9865-1.25975.5088-2.45246.5702-0.12630.2908-0.18420.01120.1757-0.25850.00910.6941-0.04940.093-0.00390.00660.4672-0.08890.0289-5.8693-112.32024.3301
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292.1992-0.55360.48982.8553-0.72581.3157-0.08920.18820.3275-0.18660.03310.0294-0.18680.25310.0560.1513-0.0785-0.02770.2172-0.01110.0675-19.683-99.14547.27
309.1453.1046-4.15113.0332-1.9454.60150.03550.0345-0.05310.0695-0.0421-0.2157-0.0330.34540.00660.18070.005-0.02570.2454-0.03270.0849-7.329-106.125714.6976
313.07220.1332-1.04464.35791.59987.1593-0.0025-0.00190.4859-0.10150.01050.3296-0.7121-0.0755-0.00790.2133-0.0155-0.01510.2584-0.17030.3465-55.7752-94.778513.8075
321.3691-0.4797-0.44493.0551.77383.2376-0.0838-0.1686-0.1628-0.02150.00760.24240.03560.16590.07620.1128-0.00660.02960.2172-0.10150.2298-57.3704-116.134510.5411
331.9037-1.0857-0.97622.44240.38391.6048-0.0894-0.2701-0.21890.30360.00760.23410.3617-0.01550.08170.2415-0.01530.08620.3311-0.08590.2507-61.8856-116.951621.1877
341.2571-0.16160.55626.9436.48118.97270.03930.0329-0.15680.2766-0.00920.06630.5865-0.1507-0.03010.14270.00220.05120.2252-0.09730.2852-69.07-114.464611.5895
352.4091-0.1412-0.79322.0612-0.19082.8117-0.0534-0.48290.1510.369-0.01720.2239-0.2667-0.02470.07060.16590.01440.03080.24-0.15980.3079-68.523-103.281618.3065
369.7943-4.4616-1.68883.44760.58790.33040.09680.1420.1984-0.0301-0.0915-0.0342-0.0637-0.0011-0.00530.219-0.0101-0.04110.2255-0.07190.2422-63.1346-101.77692.4546
375.28071.8626-1.29175.2148-0.27171.9598-0.1767-0.0218-0.24660.0293-0.04570.33030.1856-0.28110.22240.14540.01240.01480.2062-0.19730.3978-91.4044-113.26285.588
385.5722-0.35640.11223.82840.53651.36970.01720.02240.07-0.1662-0.01090.4446-0.142-0.2468-0.00630.17120.01140.01220.1668-0.1520.3606-87.2941-109.00180.22
392.2779-0.18830.75371.9476-0.26752.18720.0352-0.2045-0.03340.0431-0.09710.2360.18870.03230.06180.16980.02260.07130.1975-0.17220.3445-80.7094-108.475613.12
403.4176-0.42631.20182.1418-0.93973.3998-0.0421-0.42360.08430.04310.01310.3972-0.0806-0.30490.0290.18570.01390.09060.2052-0.19610.3849-87.4417-104.088115.4975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3A57 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4A126 - 140
5X-RAY DIFFRACTION5A141 - 162
6X-RAY DIFFRACTION6A163 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7A204 - 230
8X-RAY DIFFRACTION8A231 - 257
9X-RAY DIFFRACTION9A258 - 290
10X-RAY DIFFRACTION10A291 - 336
11X-RAY DIFFRACTION11B8 - 34
12X-RAY DIFFRACTION12B35 - 80
13X-RAY DIFFRACTION13B81 - 135
14X-RAY DIFFRACTION14B136 - 155
15X-RAY DIFFRACTION15B156 - 184
16X-RAY DIFFRACTION16B185 - 200
17X-RAY DIFFRACTION17B201 - 229
18X-RAY DIFFRACTION18B230 - 258
19X-RAY DIFFRACTION19B259 - 325
20X-RAY DIFFRACTION20B326 - 336
21X-RAY DIFFRACTION21C9 - 70
22X-RAY DIFFRACTION22C71 - 88
23X-RAY DIFFRACTION23C89 - 117
24X-RAY DIFFRACTION24C118 - 138
25X-RAY DIFFRACTION25C139 - 162
26X-RAY DIFFRACTION26C163 - 212
27X-RAY DIFFRACTION27C213 - 234
28X-RAY DIFFRACTION28C235 - 259
29X-RAY DIFFRACTION29C260 - 320
30X-RAY DIFFRACTION30C321 - 335
31X-RAY DIFFRACTION31D9 - 31
32X-RAY DIFFRACTION32D32 - 56
33X-RAY DIFFRACTION33D57 - 125
34X-RAY DIFFRACTION34D126 - 139
35X-RAY DIFFRACTION35D140 - 184
36X-RAY DIFFRACTION36D185 - 204
37X-RAY DIFFRACTION37D205 - 224
38X-RAY DIFFRACTION38D225 - 255
39X-RAY DIFFRACTION39D256 - 292
40X-RAY DIFFRACTION40D293 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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