PDB-3ieb: Crystal structure of 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ieb

タイトル

Crystal structure of 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961

要素

Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase / ulAD / CSGID / NIAID / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase activity / L-ascorbic acid catabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nocek, B. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / Stam, J. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
著者: Nocek, B. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / Stam, J. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ieb.cif.gz	237.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ieb.ent.gz	194.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/3ieb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/3ieb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cou-2 4luj-d 3exs-2 3ext-1 4o11-d 4m51-d 3p5y-d 6net-3 3nqd-d 5wji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01486

類似構造データ

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TargetDB: IDP01486

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

B: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

C: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

D: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

E: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

ヘテロ分子

122 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

B: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

E: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

ヘテロ分子

D: Hexulose-6-phosphate synthase SgbH

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	157.398, 157.398, 303.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-239- HOH

#1: タンパク質	Hexulose-6-phosphate synthase SgbH 分子量: 23824.979 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: VC_A0242 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 magic / 参照: UniProt: Q9KMS8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES 1.26 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 129200 / Num. obs: 128301 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6352 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 6.445 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20829	6453	5 %	RANDOM
R_work	0.17805	-	-	-
all	0.183	129200	-	-
obs	0.17958	121705	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.052 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0.29 Å²	0 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8080	0	145	727	8952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	8352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.609	1.951	11340
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3	13092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.741	5	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.449	24.928	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.822	15	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.658	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.788	1.5	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.254	1.5	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.407	2	8440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.925	3	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.231	4.5	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	532	-
R_work	0.238	8814	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8441	0.1423	0.7089	3.5219	2.8671	3.0037	0.0625	-0.3248	-0.0475	0.2087	0.1628	0.3352	0.31	-0.1481	-0.2253	0.1065	0.0038	-0.0888	0.2981	0.0973	0.6174	56.1473	61.8826	17.2395
2	2.412	-2.0664	0.4552	4.5037	-0.6881	0.1268	-0.0628	-0.3955	-0.0185	0.497	0.1058	0.7247	-0.0722	-0.083	-0.043	0.1181	0.0687	0.1287	0.3051	-0.096	0.4279	56.3308	74.6822	22.0303
3	2.6672	1.5417	-1.3863	6.2113	-1.8855	2.1209	0.0557	-0.4077	0.3512	0.7136	-0.1103	0.9635	-0.2708	0.1452	0.0545	0.1147	0.0287	0.0697	0.2158	-0.12	0.3217	66.1085	75.5045	20.282
4	1.2488	0.2958	-0.2443	3.4417	-0.7158	1.6301	0.1424	-0.2098	0.1774	0.2345	-0.0814	0.5164	-0.0888	0.0952	-0.061	0.0805	0.0289	-0.0035	0.1735	-0.0607	0.1534	71.7096	67.7839	15.721
5	0.8017	0.0073	0.3506	2.1514	-0.2026	4.1455	0.2423	-0.2461	-0.1248	-0.003	-0.1668	0.1343	0.082	0.2355	-0.0756	0.1231	0.0027	-0.0539	0.2396	0.0052	0.1031	77.602	60.5856	14.3799
6	1.9395	-0.452	1.2177	2.4395	-1.9123	2.7588	0.1445	-0.018	-0.0677	-0.4632	0.1061	0.5609	0.3336	-0.1671	-0.2506	0.1709	0.04	-0.1828	0.0868	-0.0249	0.2262	67.2283	62.1215	0.9501
7	2.8986	-0.4459	1.4534	3.8898	-1.6092	4.8596	0.1359	-0.197	-0.2484	-0.5708	0.0466	0.5505	0.2922	0.1015	-0.1825	0.1504	0.0353	-0.1563	0.057	-0.024	0.174	68.3612	57.2392	4.6358
8	9.1369	2.071	-2.7206	8.9457	-0.5013	3.9688	0.0633	-0.3369	-0.5705	0.294	-0.0288	-0.3787	0.0662	0.0833	-0.0345	0.1818	0.0374	-0.1985	0.1521	0.0108	0.2562	53.4091	68.6105	-5.0159
9	0.8787	-1.7423	1.0562	9.1869	-1.1616	1.4252	0.2796	0.2254	-0.3835	-0.1906	0.1971	0.602	0.3781	0.3563	-0.4767	0.3036	0.0644	-0.2434	0.3095	-0.0195	0.5146	54.9993	57.2346	-2.4181
10	5.2727	-1.7818	-0.5811	8.5233	0.2041	2.5071	0.0892	-0.1187	-0.425	-0.3624	0.0804	0.6053	0.5356	-0.1319	-0.1696	0.2223	0.0022	-0.2147	0.0844	0.0188	0.3684	60.709	54.8103	5.3617
11	9.6474	6.2195	-1.6553	8.6396	-5.3788	4.3306	0.1155	-0.0916	0.0641	0.3223	0.4837	0.545	-0.2323	-0.5946	-0.5992	0.1485	0.0836	-0.2375	0.4265	0.2217	0.7969	45.9459	60.0359	7.4314
12	2.8721	2.729	0.0319	3.4336	-0.6334	9.7328	0.1914	-0.1067	-0.0404	-0.057	0.0947	0.5752	0.29	-0.2727	-0.2861	0.0948	-0.0325	-0.1799	0.1753	0.0886	0.4806	54.8179	56.7454	9.6386
13	1.8936	3.7723	3.3357	7.6953	6.7189	5.9066	-0.5197	0.0082	-0.0896	-0.9778	0.4295	0.1984	-0.9743	0.1437	0.0902	0.6295	0.4214	0.3587	0.7759	0.4502	1.208	46.2473	71.0094	18.2672
14	0.9935	-1.0951	-2.0409	8.9884	1.0308	4.4093	-0.1425	0.1169	0.1047	0.2979	0.462	0.7445	0.3335	-0.3966	-0.3194	0.202	-0.1022	-0.0813	0.3204	0.0678	0.6123	46.8629	55.1755	15.4575
15	2.235	0.3632	-1.1345	2.5994	0.0995	3.0333	0.039	-0.0667	0.3165	-0.0873	-0.2234	0.0808	-0.2348	0.2995	0.1844	0.0947	0	-0.1021	0.1911	-0.0063	0.1776	84.1498	86.5213	8.537
16	6.4981	-0.3236	0.6982	7.5484	-3.9293	5.2469	-0.0012	-0.3343	0.6174	0.358	-0.1535	0.3199	-0.3297	0.1948	0.1548	0.1106	0.0142	-0.082	0.1402	-0.1236	0.2277	74.6956	90.3336	13.4923
17	1.9259	1.2297	0.5154	1.8392	-0.2592	1.9189	0.026	-0.1326	0.2974	-0.0975	-0.165	0.3578	-0.1955	0.1047	0.1389	0.1147	0.0332	-0.1357	0.102	-0.0619	0.2851	73.2046	85.6765	5.0373
18	9.5707	-1.3859	-2.9587	5.7022	3.3944	3.6085	-0.1577	-0.1295	0.3839	0.1749	-0.0012	0.4774	0.0183	0.0729	0.1589	0.1539	0.0725	-0.1395	0.0872	-0.0543	0.2731	68.8232	88.8485	4.0642
19	4.7448	0.7196	2.9132	0.6368	-0.3693	3.0663	-0.0213	-0.0103	0.2759	-0.2079	0.0082	0.2001	0.2331	0.0063	0.0131	0.2384	0.0257	-0.258	0.1307	-0.0163	0.3045	66.6712	76.4849	-3.3366
20	5.8541	-0.7717	1.1709	8.4309	2.4425	1.2504	-0.1446	0.3453	0.5108	-0.3793	-0.0825	0.4376	-0.2275	0.0254	0.227	0.2368	0.0761	-0.2434	0.1373	0.0146	0.3839	65.6262	88.4946	-3.579
21	1.798	1.1419	-1.0711	3.0781	-0.9293	1.6488	-0.0489	0.0723	0.1116	-0.5815	-0.0933	0.2059	0.2631	0.1681	0.1422	0.2868	0.0844	-0.0983	0.1433	0.0161	0.1496	75.1951	71.8535	-7.1874
22	6.9965	-0.6364	1.9605	3.7002	-0.715	2.5733	0.0253	0.2219	0.2839	-0.7628	-0.063	0.3439	0.1052	0.1549	0.0376	0.2911	0.033	-0.1794	0.1506	0.0248	0.1404	72.9318	78.3457	-10.8138
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66	9.12	-5.468	-3.3359	3.2876	2.0175	1.2641	-0.1993	-0.2216	0.003	0.1793	0.1256	0.0242	0.1997	0.1056	0.0737	0.3842	0.0246	0.1451	0.3534	0.0209	0.1495	91.1063	63.2958	80.6958
67	2.3143	-0.4435	0.4594	4.802	0.9132	2.1752	-0.0078	-0.4332	0.0044	0.2799	0.0953	-0.045	0.0246	0.2482	-0.0874	0.1359	0.0196	0.0564	0.2658	-0.0014	0.0317	99.7592	65.7349	76.8563
68	2.1668	1.6621	-0.781	4.074	-0.0852	5.5362	0.0907	-0.4272	0.1032	0.1323	0.1255	0.1386	0.1056	0.2587	-0.2162	0.1357	-0.0155	0.0281	0.2767	-0.037	0.0237	101.3656	70.0868	77.5877
69	5.6405	-1.7834	5.2232	2.9833	-2.9427	8.3357	-0.0862	-0.1706	0.6823	0.2703	-0.055	0.1379	-0.7361	-0.3828	0.1412	0.3288	-0.0019	0.0937	0.2865	-0.0459	0.2678	101.416	86.4252	77.0734
70	2.835	-0.8369	2.157	9.2884	-2.5227	3.1552	-0.0673	-0.4094	-0.0394	0.3045	0.0169	-0.3849	-0.057	0.3034	0.0504	0.252	-0.0075	0.0089	0.3832	-0.007	0.1368	107.571	73.8714	83.4149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	32 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	92 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	110 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	120 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	138 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	147 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	157 - 171
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	172 - 178
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	179 - 191
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	192 - 202
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	203 - 214
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	2 - 41
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	42 - 52
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	53 - 72
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	73 - 83
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	84 - 97
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	98 - 109
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	110 - 120
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	121 - 135
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	136 - 147
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	148 - 160
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	161 - 174
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	175 - 182
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	183 - 197
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	198 - 215
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	2 - 10
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	11 - 29
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	30 - 47
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	48 - 53
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	54 - 74
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	75 - 84
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	85 - 108
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	109 - 118
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	119 - 130
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	131 - 141
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	142 - 152
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	153 - 173
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	174 - 199
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	200 - 215
43	X-RAY DIFFRACTION	43	D	3 - 10
44	X-RAY DIFFRACTION	44	D	11 - 23
45	X-RAY DIFFRACTION	45	D	24 - 44
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	45 - 52
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	53 - 95
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	96 - 108
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	109 - 126
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	127 - 134
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	135 - 144
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	174 - 178
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69	X-RAY DIFFRACTION	69	E	193 - 204
70	X-RAY DIFFRACTION	70	E	205 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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