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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ie2 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of H400V mutant TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8 | |||||||||
![]() | Ribonuclease TTHA0252 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / metallo beta lactamase fold / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Endonuclease / Metal-binding / Nuclease / RNA-binding / rRNA processing | |||||||||
機能・相同性 | ![]() snRNA processing / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ishikawa, H. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Masui, R. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of H400V mutant TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8 著者: Ishikawa, H. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 340.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 279.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 516.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 588.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 93.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2dkfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47079.059 Da / 分子数: 4 / 変異: H400V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0252 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SLP1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-BTB / | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 % / Mosaicity: 0.473 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.0M Ammonium Sulfate, 1%(w/v) Polyethylene Glycol 3350, 0.1M Bis-Tris, 4%(v/v) 2,2,2 Trifluoroethanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: transparent diamond double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.2824 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 55276 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.629 / Net I/σ(I): 23.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DKF 解像度: 2.8→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 35.067 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.21 Å2 / Biso mean: 60.007 Å2 / Biso min: 7.32 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
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Xplor file |
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