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- PDB-3ie1: Crystal structure of H380A mutant TTHA0252 from Thermus thermophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ie1
タイトルCrystal structure of H380A mutant TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8 complexed with RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
  • Ribonuclease TTHA0252
キーワードHYDROLASE/RNA / Metallo beta lactamase fold / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Endonuclease / Metal-binding / Nuclease / RNA-binding / rRNA processing / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10890 / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Rossmann fold - #10890 / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / RNA / Ribonuclease TTHA0252
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Ishikawa, H. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Masui, R. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of H380A mutant TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8 complexed with RNA
著者: Ishikawa, H. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.
履歴
登録2009年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年8月4日ID: 2ZDE
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease TTHA0252
B: Ribonuclease TTHA0252
C: Ribonuclease TTHA0252
D: Ribonuclease TTHA0252
E: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
G: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
H: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,01272
ポリマ－192,9238
非ポリマー6,08964
水68538
1
A: Ribonuclease TTHA0252
E: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,46924
ポリマ－48,2312
非ポリマー2,23822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
2
B: Ribonuclease TTHA0252
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,99521
ポリマ－48,2312
非ポリマー1,76419
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
3
C: Ribonuclease TTHA0252
G: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,32214
ポリマ－48,2312
非ポリマー1,09112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
4
D: Ribonuclease TTHA0252
H: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,22613
ポリマ－48,2312
非ポリマー99511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.424, 148.165, 120.837
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Ribonuclease TTHA0252


分子量: 47051.008 Da / 分子数: 4 / 変異: H380A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0252 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5SLP1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1179.706 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 102分子

#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 % / Mosaicity: 0.448 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 50mM sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, 0.6M lithium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1.28244 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日
放射モノクロメーター: transparent diamond double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 55129 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.85-2.955.50.34154960.7511100
2.95-3.075.50.22554690.7521100
3.07-3.215.50.15254880.7651100
3.21-3.385.50.09955110.7941100
3.38-3.595.50.06855090.7981100
3.59-3.875.50.05255140.8761100
3.87-4.265.40.0555231.3371100
4.26-4.875.30.04754951.964199.8
4.87-6.145.30.03855511.41100
6.14-504.90.02755731.484199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
XFITデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DKF

2dkf


解像度: 2.85→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 5446 9.8 %random
Rwork0.231 ---
obs-53939 97.2 %-
溶媒の処理Bsol: 47.281 Å2
原子変位パラメータBiso max: 171.43 Å2 / Biso mean: 75.373 Å2 / Biso min: 15.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.065 Å20 Å2-4.872 Å2
2---3.678 Å20 Å2
3----2.388 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13284 284 304 38 13910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3631.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7842.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 832 -
Rwork0.353 --
obs-8274 89.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_glycis.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4ligand.param
X-RAY DIFFRACTION5dna-rna_rep_new.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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