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- PDB-3id5: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus C/D RNP assembled wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3id5
タイトルCrystal structure of Sulfolobus solfataricus C/D RNP assembled with Nop5, fibrillarin, L7Ae and a split half C/D RNA
要素
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
  • Pre mRNA splicing protein
  • half C/D RNA
キーワードTRANSFERASE/RIBOSOMAL PROTEIN/RNA / C/D guide RNA / 2'-O-methylation / coiled-coil / Methyltransferase / RNA-binding / rRNA processing / Transferase / tRNA processing / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / SPLICING-TRANSFERASE-RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX / TRANSFERASE-RIBOSOMAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの ...histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ribosome biogenesis / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Ribosomal protein L7Ae, archaea ...: / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Ribosomal protein L7Ae, archaea / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8 / Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase / Pre mRNA splicing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 4.01 Å
データ登録者Ye, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural organization of box C/D RNA-guided RNA methyltransferase.
著者: Ye, K. / Jia, R. / Lin, J. / Ju, M. / Peng, J. / Xu, A. / Zhang, L.
履歴
登録2009年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre mRNA splicing protein
B: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
C: 50S ribosomal protein L7Ae
D: half C/D RNA
E: Pre mRNA splicing protein
F: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
G: 50S ribosomal protein L7Ae
H: half C/D RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,68710
ポリマ－191,8908
非ポリマー7972
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19350 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area72140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)265.485, 265.485, 129.434
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H
15D
25H
16A
26E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALALAALAAA2 - 1322 - 132
21VALVALALAALAEE2 - 1322 - 132
12ILEILESAMSAMBB - I5 - 3015
22ILEILESAMSAMFF - J5 - 3015
13ALAALAGLYGLYCC7 - 1267 - 126
23ALAALAGLYGLYGG7 - 1267 - 126
14CCUUDD11 - 3411 - 34
24CCUUHH11 - 3411 - 34
15GGCCDD1 - 91 - 9
25GGCCHH1 - 91 - 9
16ALAALAPHEPHEAA133 - 378133 - 378
26ALAALAPHEPHEEE133 - 378133 - 378

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Pre mRNA splicing protein / Nop5


分子量: 44168.531 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-380 / 変異: M2V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSO0939 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+ / 参照: UniProt: Q97ZH3
#2: タンパク質 Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase / fibrillarin / FIB


分子量: 26439.375 Da / 分子数: 2 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: flpA, SSO0940, C33_014 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+
参照: UniProt: P58032, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae


分子量: 14075.301 Da / 分子数: 2 / 変異: N2D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: rpl7ae, SSO0091, C04_031 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+ / 参照: UniProt: P55858
#4: RNA鎖 half C/D RNA


分子量: 11261.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: prepared by in vitro transcription
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.7M (NH4)2SO4, 50mM Na cacodylate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.00821 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00821 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 39544 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 4→4.07 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 4.01→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 109.392 / SU ML: 0.659 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.747 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 1888 5 %RANDOM
Rwork0.285 ---
obs0.286 37665 96.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 282.71 Å2 / Biso mean: 166.712 Å2 / Biso min: 44.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.34 Å20 Å20 Å2
2---2.34 Å20 Å2
3---4.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.01→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11276 1400 54 0 12730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02213070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1352.12217980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.68551418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7424.559522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.923152116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3821578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.22116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.25254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.28677
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6951.57384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.281211480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8636910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2124.56500
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1066TIGHT POSITIONAL0.010.05
1A1066TIGHT THERMAL0.020.5
2B1823TIGHT POSITIONAL0.010.05
2B1823TIGHT THERMAL0.010.5
3C911TIGHT POSITIONAL0.05
3C911TIGHT THERMAL0.5
4D485TIGHT POSITIONAL0.070.05
4D485TIGHT THERMAL0.010.5
5D195TIGHT POSITIONAL0.10.05
5D195TIGHT THERMAL0.010.5
6A1865TIGHT POSITIONAL0.010.05
6A1865TIGHT THERMAL0.010.5
LS精密化 シェル解像度: 4.007→4.107 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 101 -
Rwork0.334 2003 -
all-2104 -
obs--76.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.18120.56846.6492.21770.89295.89470.4216-0.7304-1.60840.3975-0.13590.27781.0236-0.6269-0.2857-0.95480.0874-0.0856-1.3127-0.075-1.039224.26770.67227.364
213.453-3.62292.67253.2119-1.12374.4660.32442.22640.7044-0.6450.0236-0.28710.50851.616-0.348-1.03150.3328-0.1496-0.4896-0.2492-1.261853.97680.72220.099
313.4801-0.45041.68584.5591-1.86456.664-0.0727-0.06440.63240.29850.35950.21560.1647-0.6895-0.2868-0.254-0.1311-0.0404-0.29010.1027-0.0988-10.76394.19827.33
410.2619-1.4773-0.14943.9782-1.09483.22950.10611.0170.6489-0.292-0.4117-0.5982-0.59640.5350.30560.06530.1211-0.01360.14620.2064-0.212784.73688.28147.715
56.95740.4992.33416.29770.9924.4112-0.2907-0.15620.73150.28390.2229-0.2824-0.13320.22540.0678-0.23330.0259-0.1379-0.2957-0.0017-0.016913.099103.20439.808
65.5779-2.22030.6264.26690.94335.09070.0410.37370.3041-0.1068-0.44560.1197-0.2805-0.15220.4045-0.06860.1812-0.0668-0.23610.1208-0.159558.35398.39550.938
78.0764-5.4303-4.884316.51313.53329.23650.77021.921-0.3731-3.2025-0.50371.3546-0.1834-0.2629-0.26650.0567-0.3415-0.81490.6739-0.4017-0.6323-0.37873.094-9.138
86.90634.4732-1.65446.25595.295212.46520.32280.7223-1.85960.4730.1312-0.60912.22241.7301-0.45410.14781.6866-0.21920.2521-0.66560.517482.80748.33530.043
98.90152.50692.398413.5468-3.11076.96940.48361.3746-2.11670.49370.51122.61711.2848-1.1245-0.9947-0.3385-0.3363-0.1872-0.5235-0.6521.0481-1.62555.6087.683
1019.91133.08636.682114.8493-1.744918.2643-1.01443.1169-2.1625-2.08950.6204-1.1396-1.83552.82460.3940.32231.3650.13711.6019-1.2007-0.715583.71563.44311.342
1142.752614.3776-13.12536.89780.23614.51212.27370.69616.0995-1.6894-0.85941.558-0.1827-0.4958-1.41440.24870.42571.00220.13150.016-0.037131.47366.211-11.695
124.3995-10.2033-7.540859.600856.129454.4728-0.9814-2.72610.3144-0.4698-1.57814.5249-0.4149-1.87992.55950.03030.0601-0.2802-0.2988-0.31220.292761.24234.53610.224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A133 - 378
2X-RAY DIFFRACTION2E133 - 378
3X-RAY DIFFRACTION3A2 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4E2 - 132
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6F5 - 231
7X-RAY DIFFRACTION7C7 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8G7 - 126
9X-RAY DIFFRACTION9D10 - 34
10X-RAY DIFFRACTION10H10 - 34
11X-RAY DIFFRACTION11D1 - 9
12X-RAY DIFFRACTION12H1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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