[日本語] English
万見
- PDB-3id0: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase homodimer in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3id0
タイトルTrypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase homodimer in complex with 3-Fluoro-1-(2-hydroxy-2,2-bisphosphono-ethyl)pyridinium
要素Farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / farnesyl diphosphate synthase / FPPS / bisphosphonate / zoledronate / risedronate / minodronate / Chagas disease / Isoprene biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NI9 / Farnesyl diphosphate synthase / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Amzel, L.M. / Huang, C.H. / Gabelli, S.B. / Oldfield, E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Binding of nitrogen-containing bisphosphonates (N-BPs) to the Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase homodimer.
著者: Huang, C.H. / Gabelli, S.B. / Oldfield, E. / Amzel, L.M.
履歴
登録2009年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7927
ポリマ－41,2251
非ポリマー5676
水73941
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,58514
ポリマ－82,4512
非ポリマー1,13412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area8790 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area27230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.197, 58.197, 390.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase


分子量: 41225.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: FPPS / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q95WL3, UniProt: Q8WS25*PLUS, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-NI9 / 3-FLUORO-1-(2-HYDROXY-2,2-DIPHOSPHONOETHYL)PYRIDINIUM


分子量: 302.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11FNO7P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, 200mM Ammonium Sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9729 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9382 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 17.1 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.968 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Num. unique all: 726 / Χ2: 0.729 / % possible all: 69.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.81→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 17.424 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 470 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.22 9254 87.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.89 Å2 / Biso mean: 45.419 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.75 Å21.87 Å20 Å2
2--3.75 Å20 Å2
3----5.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2889 0 31 41 2961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0411.9614043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3535361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.27324.307137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.30515511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4871515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.44321845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82232912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.728201291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.299301131
LS精密化 シェル解像度: 2.811→2.884 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 22 -
Rwork0.285 490 -
all-512 -
obs--68.82 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る