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- PDB-3icy: The crystal structure of sensory box histidine kinase/response re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3icy
タイトルThe crystal structure of sensory box histidine kinase/response regulator domain from Chlorobium tepidum TLS
要素Sensor protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Sensory box histidine kinase/response regulator domain / Kinase / Chlorobium tepidum TLS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能
PAS fold-3 / PAS fold / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...PAS fold-3 / PAS fold / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.684 Å
データ登録者Wu, R. / Shonda, C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of sensory box histidine kinase/response regulator domain from Chlorobium
著者: Ruiying, W. / Shonda, C. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1706
ポリマ－26,8012
非ポリマー3684
水70339
1
A: Sensor protein
ヘテロ分子

A: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1706
ポリマ－26,8012
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12650 Å2
2
B: Sensor protein
ヘテロ分子

B: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1706
ポリマ－26,8012
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5060 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12900 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)106.728, 32.483, 93.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-118-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 13400.688 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 160-274 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
株: taxon:194439 / 遺伝子: CT2060, GI:21648093 / プラスミド: PDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KAU2, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.5M (NH4)2HPO4, 10% PEG400, Na-citrate, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 8400 / Num. obs: 8394 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: ARP/wARP

解像度: 2.684→26.917 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 388 4.62 %
Rwork0.1674 --
obs0.1711 8392 99.03 %
all-8006 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.918 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6252 Å2-0 Å21.3272 Å2
2---1.321 Å20 Å2
3----0.3042 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.684→26.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 0 24 39 1941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1152629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.227700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6842-3.07220.31751300.20922561X-RAY DIFFRACTION97
3.0722-3.86880.25751190.16332678X-RAY DIFFRACTION100
3.8688-26.91820.21781390.15242765X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27780.2892-0.32640.3302-0.21410.8380.31040.0382-0.21170.1734-0.3980.2565-0.3766-0.44890.01310.64710.0294-0.05220.36420.04630.21831.644855.3964-3.2818
21.1485-0.6469-0.03122.8042-0.25831.2946-0.0560.0692-0.0521-0.36280.13840.0031-0.1332-0.1012-0.04720.1436-0.0137-0.00390.135-0.02050.0547-6.20553.045317.1646
32.45740.4159-0.56440.52990.20320.620.0459-0.214-0.59560.135-0.1391-0.13780.01650.03220.13430.06030.0209-0.02450.11580.00680.1384-22.990836.77545.2381
40.3716-0.5634-0.67991.50680.62971.82010.02-0.0482-0.0599-0.149-0.0435-0.119-0.04990.03530.04140.099-0.01560.02330.0923-0.00010.1578-5.294837.362233.2887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A resid -2:29A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain A resid 30:115A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain B resid -2:29B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain B resid 30:115B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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