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- PDB-3ica: The crystal structure of the beta subunit of a phenylalanyl-tRNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ica
タイトルThe crystal structure of the beta subunit of a phenylalanyl-tRNA synthetase from Porphyromonas gingivalis W83
要素Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
キーワードLIGASE / APC61692.1 / Porphyromonas gingivalis / phenylalanyl-tRNA synthetase / beta subunit / Structural genomics / PSI-2 / Protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / RNA-binding / tRNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain ...Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Fan, Y. / Sather, A. / Keigher, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the beta subunit of a phenylalanyl-tRNA synthetase from Porphyromonas gingivalis W83
著者: Fan, Y. / Sather, A. / Keigher, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
B: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,24414
ポリマ－49,0682
非ポリマー1,17612
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.725, 59.725, 256.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain / Phenylalanine-tRNA ligase beta chain / PheRS


分子量: 24534.096 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 503-712 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: PG_0099, pheT, Porphyromonas gingivalis / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q7MXR4, phenylalanine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH8.5, 30% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 18220 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 32.553
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 4.214 / Num. unique all: 859 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectcollectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.44→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 8.568 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.289
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25486 891 4.9 %RANDOM
Rwork0.20248 ---
obs0.20505 17329 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.98 Å20 Å20 Å2
2--1.98 Å20 Å2
3----3.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3304 0 77 161 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9724724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9085421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.25623.494166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.71915606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7421528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.52086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66823350
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24631419
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6554.51374
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.505 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 58 -
Rwork0.258 1259 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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