PDB-3ic4: The crystal structure of the glutaredoxin(grx-1) from Archaeoglob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ic4

タイトル

The crystal structure of the glutaredoxin(grx-1) from Archaeoglobus fulgidus

要素

Glutaredoxin (Grx-1)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glutaredoxin(grx-1) / structural genomics / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

cell redox homeostasis / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the glutaredoxin from Archaeoglobus fulgidus
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ic4.cif.gz	32.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ic4.ent.gz	21.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ic4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7ad0-2 2mjm-d 4zg1-2 3mdf-1 7ad0-4 4zg1-1 3kuj-d 4lwt-d 5ovc-d 2fn5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC40496

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutaredoxin (Grx-1)

ヘテロ分子

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.951, 45.206, 45.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutaredoxin (Grx-1) 分子量: 10653.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_1536, GI:2649025 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O28736
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes, 0.2M MgCl2, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月27日 / 詳細: mirrows
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→99.4 Å / Num. all: 10152 / Num. obs: 10091 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 30.58
反射シェル	解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 780 / % possible all: 97.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→32.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.463 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23865	510	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1949	-	-	-
obs	0.197	10091	99.4 %	-
all	-	10152	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 4.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	740	0	2	81	823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	754
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.667	1.978	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.978	5	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.467	23.824	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.8	15	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.423	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.789	1.5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.173	1.5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.573	2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.914	3	302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.983	4.5	282

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	38	-
R_work	0.266	722	-
obs	-	760	97.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.714 Å / Origin y: 29.541 Å / Origin z: 6.206 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1632 Å²	-0.0033 Å²	0.0058 Å²	-	0.3562 Å²	-0.0062 Å²	-	-	0.1931 Å²
L	1.5068 °²	-0.073 °²	0.0925 °²	-	1.3815 °²	-0.6384 °²	-	-	1.1487 °²
S	0.0589 Å °	-0.0964 Å °	-0.0855 Å °	0.0928 Å °	-0.0002 Å °	0.0863 Å °	0 Å °	0.0233 Å °	-0.0587 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-9 - 0
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	61 - 82

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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