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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ic3 | ||||||
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タイトル | Structure of a putative pyruvate dehydrogenase from the photosynthetic bacterium Rhodopseudomonas palustrus CGA009 | ||||||
![]() | putative pyruvate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rhodopseudomonas palustris / pyruvate dehydrogenase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() putative pyruvate dehydrogenase fold / putative pyruvate dehydrogenase / Protein of unknown function DUF5076 / Domain of unknown function (DUF5076) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Mckinlay, J.B. / Harwood, C.S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a putative pyruvate dehydrogenase from the photosynthetic bacterium Rhodopseudomonas palustrus CGA009 著者: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Mckinlay, J.B. / Harwood, C.S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 496.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 500.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | authors state that the biological unit is unknown, and possibly a dimer. |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD![](data/chem/img/BGC.gif)
![](data/chem/img/BGC.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 11513.149 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CGA009 / 遺伝子: JGI_07::RPA2865, RPA2865 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 糖 | ChemComp-BGC / | |
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-非ポリマー , 5種, 364分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M phosphate critrate pH 4.2 1.6M NaH2PO4, 0.4M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 8 % / Av σ(I) over netI: 32.22 / 数: 371122 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.93 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 46379 / % possible obs: 99.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 46379 / Num. obs: 46379 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.423 / FOM acentric: 0.438 / FOM centric: 0.284 / 反射: 46232 / Reflection acentric: 41753 / Reflection centric: 4479 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 46232 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.894 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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