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万見
- PDB-3ibv: Karyopherin cytosolic state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ibv
タイトルKaryopherin cytosolic state
要素Exportin-T
キーワードRNA BINDING PROTEIN / karyopherin / exportin / HEAT repeat / Cytoplasm / Nucleus / RNA-binding / Transport / tRNA processing / tRNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA re-export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus / tRNA processing / nuclear pore / small GTPase binding / nuclear matrix / nuclear envelope / tRNA binding / GTP binding ...tRNA re-export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / tRNA export from nucleus / tRNA processing / nuclear pore / small GTPase binding / nuclear matrix / nuclear envelope / tRNA binding / GTP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Exportin-T / Exportin-T, C-terminal domain / Exportin-T / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cook, A.G. / Fukuhara, N. / Jinek, M. / Conti, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structures of the tRNA export factor in the nuclear and cytosolic states
著者: Cook, A.G. / Fukuhara, N. / Jinek, M. / Conti, E.
履歴
登録2009年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exportin-T
B: Exportin-T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,8706
ポリマ－220,7102
非ポリマー1604
水00
1
A: Exportin-T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4353
ポリマ－110,3551
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exportin-T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4353
ポリマ－110,3551
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.900, 130.100, 173.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Exportin-T / tRNA exportin / Exportin(tRNA) / Karyopherin-beta


分子量: 110354.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: los1, SPBP8B7.09c / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O94258
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES, pH6.5, 30% PEG400, 160mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA10.96
シンクロトロンSLS X10SA21.037
シンクロトロンSLS X10SA31.006
シンクロトロンSLS X10SA40.978
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2008年4月24日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年5月19日
MARMOSAIC 225 mm CCD3CCD2007年5月19日
MARMOSAIC 225 mm CCD4CCD2007年10月31日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961
21.0371
31.0061
40.9781
反射解像度: 3.1→49.9 Å / Num. obs: 48907 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 87.232 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 17.22
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.1-3.20.752.319853410792.4
3.2-3.40.665462800685391.5
3.4-3.80.4377.91369641051599
3.8-40.22213.450348385499.9
4-4.30.14918.159749451299.9
4.3-4.50.10823.633106239199.9
4.5-50.09326.2601894445100
5-60.08627.166643506799.9
6-100.04437.1712045564100
100.03344.817659159997.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.1→29.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 2440 4.9 %
Rwork0.275 --
obs-48858 97.8 %
溶媒の処理Bsol: 59.641 Å2
原子変位パラメータBiso max: 200.77 Å2 / Biso mean: 119.898 Å2 / Biso min: 19.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--30.749 Å20 Å20 Å2
2--23.186 Å20 Å2
3---7.563 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12872 0 4 0 12876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.606
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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