PDB-3ibs: Crystal structure of conserved hypothetical protein BatB from Bac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ibs

タイトル

Crystal structure of conserved hypothetical protein BatB from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

conserved hypothetical protein BatB

キーワード

structural genomics / unknown function / Protein structure / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hattne, J. / Bearden, J. / Borek, D. / Nakka, C. / Sather, A. / Joachimiak, A. / Otwinowski, Z. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of conserved hypothetical protein BatB from Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Hattne, J. / Bearden, J. / Borek, D. / Nakka, C. / Sather, A. / Joachimiak, A. / Otwinowski, Z.

履歴

登録	2009年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ibs.cif.gz	98 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ibs.ent.gz	76.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ibs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ibs_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ibs_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	3ibs_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	3ibs_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/3ibs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/3ibs	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4oqd-2 6m81-2 3px3-d 4oqe-d 3p9v-1 4ew9-3 3l6a-d 2bwc-d 2bw8-d 4xty-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC36284.2

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein BatB

B: conserved hypothetical protein BatB

ヘテロ分子

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: conserved hypothetical protein BatB

ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein BatB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.299, 68.561, 106.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein BatB 分子量: 23522.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_0906 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pRK1037 / 参照: UniProt: Q8A9A9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.16 M magnesium chloride, 0.08 M Tris HCl pH 8.5, 24% PEG 4000, 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月13日
放射	モノクロメーター: Double-crystal monochromator Si-111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 28404 / Num. obs: 28404 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 43.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / R_sym value: 0.564 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→31.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 9.232 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21941	1438	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18246	-	-	-
obs	0.18438	26861	99.39 %	-
all	-	28404	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.077 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3061	0	23	171	3255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.267	1.974	4375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.652	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.881	25.556	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.404	15	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.134	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.611	1.5	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.152	2	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.214	3	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.626	4.5	961
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	102	-
R_work	0.215	1845	-
obs	-	-	94.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4683	0.4094	0.2521	3.8213	2.0076	2.2076	0.0233	-0.0303	-0.0009	-0.0966	-0.0025	-0.0985	-0.1054	0.0745	-0.0208	0.1221	0.0044	0.0045	0.1791	-0.0074	0.1225	37.8696	16.3838	5.7241
2	6.0124	2.4738	-4.7014	11.4535	-0.0992	2.3903	-0.1507	-0.109	-0.353	-0.2343	0.1234	-0.7349	0.0508	0.1518	0.0273	0.0954	0.0294	0.0172	0.3159	-0.0744	0.2109	42.8707	9.9345	-0.6629
3	1.1208	-0.4049	-0.3382	1.1411	0.3413	2.3055	-0.0581	-0.0052	0.1709	-0.0608	0.0701	-0.17	-0.2668	0.1894	-0.012	0.1292	-0.005	0.006	0.1628	-0.0147	0.1409	42.7676	22.6773	6.9226
4	4.6358	2.2261	0.2791	3.2422	0.8155	2.3249	-0.1204	0.1188	-0.139	0.0148	0.2424	-0.2198	0.0489	0.1952	-0.122	0.124	0.0171	-0.013	0.1817	-0.0303	0.0676	45.2356	20.4522	14.7467
5	2.2203	-0.2566	0.4546	2.3828	0.617	2.1097	-0.0453	-0.1999	0.083	0.2006	-0.0624	0.108	-0.0118	-0.1492	0.1077	0.1119	0.0088	0.0243	0.1742	-0.012	0.1144	30.4846	18.1566	11.7981
6	1.6968	-0.6438	-0.4221	4.6971	1.8583	2.3567	0.0238	-0.0493	0.1134	-0.1277	-0.0229	-0.0618	-0.1069	-0.0655	-0.0008	0.1082	-0.014	-0.0101	0.1853	-0.0031	0.1514	31.5071	15.9554	2.3107
7	6.4476	2.7134	0.533	11.0186	1.2355	11.8392	-0.1238	-0.4581	-0.4975	0.7587	0.2629	-0.0526	0.4979	-0.0983	-0.1391	0.2406	0.0968	-0.0136	0.0857	-0.0008	0.1438	36.8	-6.6716	1.6189
8	1.2192	-2.9103	-0.6634	9.3319	0.7409	1.2851	-0.0995	-0.0059	-0.1132	0.1296	0.0276	0.2345	0.1388	-0.1941	0.0719	0.1179	-0.0246	0.0039	0.1848	-0.0326	0.1705	28.2479	6.1845	-1.8379
9	5.656	1.1558	-1.326	3.7839	0.743	4.3156	-0.0527	0.092	0.2449	-0.4127	0.0328	0.133	-0.0851	-0.1259	0.0199	0.1148	0.034	-0.0502	0.1713	-0.0084	0.1257	26.1587	22.6612	-0.4634
10	4.9667	-3.4658	-2.2825	15.8007	6.2727	6.445	0.2121	0.4701	0.5056	-0.6818	-0.1438	-0.4101	-0.8173	0.0133	-0.0683	0.1811	-0.0262	-0.0124	0.1732	0.0977	0.1451	38.3701	28.3953	-2.0951
11	1.9387	-1.4382	0.7866	3.1819	-2.0535	2.775	-0.0118	-0.1724	-0.1565	0.2398	0.0842	0.1017	-0.1854	-0.1279	-0.0724	0.13	0.0049	-0.0349	0.135	-0.0053	0.1343	53.3902	17.9745	35.9716
12	5.7323	-4.0372	2.4115	6.5382	-2.3937	2.3902	-0.146	-0.3971	-0.2152	0.6133	0.2697	0.4986	-0.4062	-0.578	-0.1237	0.1683	0.0837	0.0624	0.2136	0.0129	0.0826	45.8044	21.4495	37.6548
13	5.4271	-4.1833	0.29	7.3485	-0.5311	2.8046	-0.1032	-0.0086	0.0788	0.4134	-0.0271	0.2299	-0.4005	-0.3231	0.1303	0.2241	0.0223	0.022	0.1641	-0.021	0.1108	48.604	26.7298	27.9722
14	5.4131	-0.5028	0.4536	3.5678	-1.1991	3.0916	-0.0517	-0.1831	-0.288	0.0038	0.1472	0.2501	0.1679	-0.3271	-0.0955	0.1304	0.0144	-0.0102	0.1651	-0.0316	0.0881	44.9769	20.3896	25.6887
15	0.7739	0.2782	0.3331	3.9706	-2.0829	4.6887	0.0928	0.218	-0.1453	-0.2404	-0.2798	-0.3005	0.2898	0.4344	0.1871	0.1015	0.0318	-0.0114	0.1151	-0.0213	0.1642	59.7151	16.4972	27.1171
16	9.7271	2.0022	7.9625	12.0148	-3.5472	10.0297	0.2381	0.6402	0.7105	-0.3896	-0.4832	-0.3376	-0.4416	0.2626	0.2451	0.4013	0.1901	0.2342	0.2469	0.1715	0.2435	53.958	32.7463	20.5055
17	2.6671	-1.0385	0.3374	4.7766	-2.3717	3.3969	-0.0891	0.1082	0.3697	0.2093	-0.1801	-0.5666	-0.5666	0.2053	0.2692	0.1904	-0.0567	-0.0858	0.038	0.0137	0.1637	61.3605	29.5883	31.0751
18	1.482	-1	0.1686	7.5102	1.0529	3.4993	-0.0942	-0.0966	-0.0457	0.0453	-0.0282	0.2015	0.0254	-0.1431	0.1224	0.1204	-0.0093	-0.0646	0.1697	0.0258	0.1297	62.5902	7.4286	42.2723
19	8.1343	1.7364	-2.1447	4.1307	-2.1065	5.9635	-0.362	-0.6435	0.0843	1.0749	0.152	-0.3775	-0.8543	0.3007	0.2099	0.383	0.063	-0.1304	0.0915	-0.0838	0.0651	58.494	27.9334	41.6871
20	9.1363	-12.2479	4.3234	41.9	-30.9124	20.8216	0.2147	-1.051	1.7194	0.9379	0.031	-0.5087	-1.3015	0.1516	-0.2457	0.662	0.2084	-0.0094	0.3427	-0.5875	0.525	48.3515	36.8681	38.3125

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	55 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	75 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	128 - 152
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	153 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	163 - 175
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	176 - 188
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	189 - 209
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	5 - 26
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	27 - 42
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	43 - 54
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	55 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	76 - 94
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	95 - 102
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	103 - 140
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	141 - 173
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	174 - 196
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	197 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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