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万見
- PDB-3ibr: Crystal Structure of P. aeruginosa Bacteriophytochrome Photosenso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ibr
タイトルCrystal Structure of P. aeruginosa Bacteriophytochrome Photosensory Core Module Mutant Q188L in the Mixed Pr/Pfr State
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / phytochrome / red-light photoreceptor / photoconversion / chromophore / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Photoreceptor protein / Receptor / Sensory transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain ...PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Yang, X. / Kuk, J. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Conformational differences between the Pfr and Pr states in Pseudomonas aeruginosa bacteriophytochrome.
著者: Yang, X. / Kuk, J. / Moffat, K.
履歴
登録2009年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,9074
ポリマ－114,7422
非ポリマー1,1652
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area42910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.902, 108.902, 188.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 57371.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-497 / 変異: Q188L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: bphP, PA4117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21/DE3 / 参照: UniProt: Q9HWR3, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: protein: 10mg/ml, 0.5% PEG4000 (w/v), 0.01M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月7日
放射モノクロメーター: SI 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→50 Å / Num. all: 24681 / Num. obs: 23250 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.97→3.04 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.97→37.74 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 1128 5.1 %
Rwork0.233 --
obs0.236 22136 84.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.07 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→37.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7202 0 86 2 7290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33610513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2712811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.97-3.10510.3744520.3441240X-RAY DIFFRACTION40
3.1051-3.26880.35171040.32742007X-RAY DIFFRACTION66
3.2688-3.47340.41231300.29382619X-RAY DIFFRACTION84
3.4734-3.74140.34881740.25463045X-RAY DIFFRACTION98
3.7414-4.11750.30041550.24513033X-RAY DIFFRACTION98
4.1175-4.71230.26761680.20453036X-RAY DIFFRACTION98
4.7123-5.93330.32471640.21833044X-RAY DIFFRACTION98
5.9333-37.74760.2741810.20762984X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined2.15860.0964-0.71980.0371-0.31730.9584-0.0769-0.35730.75450.24150.1636-0.2064-0.2560.3333-0.09230.338-0.0751-0.14620.2748-0.26690.469129.417623.244117.2541
20.6861-0.31330.34161.0182-0.51950.88560.12590.1588-0.2856-0.22740.01560.33170.502-0.059-0.14390.5653-0.1063-0.11340.4194-0.12890.5591
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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