[日本語] English
万見
- PDB-3ibp: The Crystal Structure of the Dimerization Domain of Escherichia c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ibp
タイトルThe Crystal Structure of the Dimerization Domain of Escherichia coli Structural Maintenance of Chromosomes Protein MukB
要素Chromosome partition protein mukB
キーワードCELL CYCLE / MukB / Structural Maintenance of Chromosomes / SMC / condensin / cohesin / chromosome segregation / hinge / dimerization domain / ATP-binding / Cell division / Chromosome partition / DNA condensation / DNA-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / nucleoid / chromosome condensation / sister chromatid cohesion / chromosome segregation / DNA replication / cell division / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...condensin complex / nucleoid / chromosome condensation / sister chromatid cohesion / chromosome segregation / DNA replication / cell division / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #850 / MukB, hinge domain / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukB N-terminal / MukB hinge domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #850 / MukB, hinge domain / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukB N-terminal / MukB hinge domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Chromosome partition protein MukB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.099 Å
データ登録者Li, Y. / Schoeffler, A.J. / Berger, J.M. / Oakley, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of the hinge domain of the Escherichia coli structural maintenance of chromosomes protein MukB.
著者: Li, Y. / Schoeffler, A.J. / Berger, J.M. / Oakley, M.G.
履歴
登録2009年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein mukB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6612
ポリマ－34,6431
非ポリマー181
水905
1
A: Chromosome partition protein mukB
ヘテロ分子

A: Chromosome partition protein mukB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3214
ポリマ－69,2852
非ポリマー362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_376y-2,x+2,-z+5/41
Buried area2940 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area34720 Å2
手法PISA
2
A: Chromosome partition protein mukB
ヘテロ分子

A: Chromosome partition protein mukB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3214
ポリマ－69,2852
非ポリマー362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
Buried area3220 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area34430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.270, 56.270, 342.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

-
要素

#1: タンパク質 Chromosome partition protein mukB / Structural maintenance of chromosome-related protein


分子量: 34642.629 Da / 分子数: 1 / 断片: Dimerization Domain(UNP residues 566-863) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0924, JW0907, mukB / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P22523
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 165 mM MOPS, 165 mM Ammonium Bromide, 13.5% PEG 20k, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.971976, 0.979795, 0.979656
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月27日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9719761
20.9797951
30.9796561
反射解像度: 3.099→150 Å / Num. all: 10802 / Num. obs: 10802 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 3.099→3.15 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 794 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX2009_02_15_2320_3精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.099→56.27 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.796 / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.73 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1049 10 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.247 10494 96.05 %-
all-10494 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.879 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 346.33 Å2 / Biso mean: 99.631 Å2 / Biso min: 24.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.798 Å20 Å2-0 Å2
2--0.798 Å2-0 Å2
3----16.069 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.099→56.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 1 5 2282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2543139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.691885
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.099-3.2630.3831170.3211057117478
3.263-3.4670.3571470.3231314146196
3.467-3.7350.3111510.2711357150899
3.735-4.110.2931500.2571358150899
4.11-4.7050.2521560.2111405156199
4.705-5.9260.2941560.22314031559100
5.926-56.2790.2171720.2131551172399
精密化 TLS

S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.04140.4269-3.6720.2954-0.33614.3095-0.2727-0.5741-0.1514-0.1351-0.0953-0.08330.18280.93170.2740.03-0.01440.81590.00180.44144.880138.741176.558
29.3746-2.1210.96165.74191.11738.3508-0.2105-0.8644-0.16170.41890.4973-0.1207-0.35280.45330.1864-0.02830.12910.3368-0.0210.3974-52.566747.8292217.0006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A and (resseq 572:667 or resseq 780:854)A572 - 667
2X-RAY DIFFRACTION1Chain A and (resseq 572:667 or resseq 780:854)A780 - 854
3X-RAY DIFFRACTION2Chain A and resseq 668:779A668 - 779

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る