- PDB-3ibm: CRYSTAL STRUCTURE OF cupin 2 domain-containing protein Hhal_0468 ... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3ibm
タイトル
CRYSTAL STRUCTURE OF cupin 2 domain-containing protein Hhal_0468 FROM Halorhodospira halophila
要素
Cupin 2, conserved barrel domain protein
キーワード
structural genomics / unknown function / CUPIN 2 FAMILY / METAL-BINDING SITE / BETA BARREL / PSI-2 / NYSGXRC / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / UNCHARACTERIZED PROTEIN
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20451 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 27.362 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.8
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
REFMAC
5.3.0034
精密化
DENZO
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.031 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25767
650
3.2 %
RANDOM
Rwork
0.19833
-
-
-
obs
0.20019
19487
98.65 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK