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万見
- PDB-3ibk: Crystal structure of a telomeric RNA quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ibk
タイトルCrystal structure of a telomeric RNA quadruplex
要素RNA (5'-R(*(5BU)P*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')
キーワードRNA / rna quadruplex / bimolecular quadruplex / parallel stranded
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Collie, G.W. / Neidle, S. / Parkinson, G.N.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: A crystallographic and modelling study of a human telomeric RNA (TERRA) quadruplex
著者: Collie, G.W. / Haider, S.M. / Neidle, S. / Parkinson, G.N.
履歴
登録2009年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*(5BU)P*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*(5BU)P*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0554
ポリマ－7,9762
非ポリマー782
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.583, 57.583, 38.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*(5BU)P*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')


分子量: 3988.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 % / Mosaicity: 1.48 °
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, , KCl, NaCl, NaCacodylate, polyamine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.869 Å / Num. obs: 3912 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.046
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.54 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrysalisProデータ収集
CrysalisProデータ削減
REFMAC5.5.0072位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1K8P

1k8p


解像度: 2.2→11.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 9.78 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 176 4.5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.216 3899 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.12 Å2 / Biso mean: 24.257 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→11.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 520 2 45 567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8593774
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.02224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5553497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.634.5774
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 13 -
Rwork0.294 266 -
all-279 -
obs--99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9943-2.07260.36274.9998-1.37274.4407-0.0188-0.2550.07830.60390.14610.3743-0.2369-0.2454-0.12720.0476-0.0084-0.00630.0833-0.01740.05522.851825.751538.1223
22.2504-0.4003-0.35584.21292.25761.21880.04770.06410.1474-0.31660.0797-0.1867-0.45790.083-0.12750.0653-0.0005-0.00340.0650.02010.06458.542530.162133.7897
34.0719-1.37180.32590.5588-0.48061.4492-0.16960.9455-0.4775-0.63670.20910.07850.11740.0423-0.03940.1232-0.00030.00480.1060.0040.11069.183518.460328.926
45.13511.72822.54751.4768-1.09325.51430.08030.162-0.6099-0.228-0.06720.31580.3998-0.0236-0.01320.0072-0.01340.01130.00430.0022-0.0057-0.810318.176733.2025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3B14 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4B18 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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