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- PDB-3ibb: Propionyl-CoA Carboxylase Beta Subunit, D422A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ibb
タイトルPropionyl-CoA Carboxylase Beta Subunit, D422A
要素Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ACCase / PCCase / ACC / PCC / Propionyl-CoA / CT / Carboxyltransferase / Polyketide / Fatty Acid / PKS / FAS / Polyketide Synthase / Fatty Acid Synthase / Carboxylase / beta subunit / PccB / Acyl-CoA / Acyl-CoA C arboxylase / Streptomces / Streptomyces coelicolor / Biotin
機能・相同性
機能・相同性情報


propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Diacovich, L. / Arabolaza, A. / Shillito, E.M. / Lin, T.-W. / Mitchell, D.L. / Pham, H. / Melgar, M.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structures and mutational analyses of acyl-CoA carboxylase beta subunit of Streptomyces coelicolor.
著者: Arabolaza, A. / Shillito, M.E. / Lin, T.W. / Diacovich, L. / Melgar, M. / Pham, H. / Amick, D. / Gramajo, H. / Tsai, S.C.
履歴
登録2009年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
B: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
C: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
D: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
E: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
F: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,0816
ポリマ－343,0816
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45510 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area101560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.060, 183.328, 228.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit


分子量: 57180.156 Da / 分子数: 6 / 変異: D422A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3 / 遺伝子: pccB, SCK13.18c, SCO4926 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X4K7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 7
詳細: Bis-Tris,(NH4)SO4, PEG 3350, pH 7.0, sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月27日 / 詳細: Si
放射モノクロメーター: Double Crystal, Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 46071 / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル最高解像度: 3.5 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 69.964 / SU ML: 0.502 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.711 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2294 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.194 46011 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 20 Å2 / Biso mean: 2.033 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.05 Å20 Å20 Å2
2---1.6 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23700 0 0 0 23700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0590.02224180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.951.95732856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.63653120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.09223.6761110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.089153792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.43215192
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2150.23708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0218738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.340.313632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.380.516817
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2670.51648
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3780.356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4180.54
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.121216262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.183324876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.11229356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.17637980
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.547 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 138 -
Rwork0.216 2829 -
all-2967 -
obs--83.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.026-3.75-8.905830.0502-4.98485.9971-0.0327-1.5569-0.31870.21640.4619-0.00010.06010.4171-0.42910.4079-0.06070.1052-0.13880.05-0.1192-111.1138-117.4892187.6058
28.0832-11.3336-1.865618.9915.17442.5423-0.932-1.37840.21831.19681.03360.00340.31430.0376-0.1017-0.1206-0.03130.15940.1051-0.03410.1331-120.0618-93.9735182.1799
32.23280.3604-0.12611.46370.0412.130.0142-0.1388-0.05870.1601-0.04580.07680.1484-0.00640.03160.0760.01860.0339-0.02250.04490.1038-106.2045-97.6481175.8538
41.00910.13150.3892.13560.44560.2236-0.0354-0.07640.03170.3438-0.01840.3963-0.144-0.15930.05380.1321-0.03050.05540.02550.0023-0.042-107.287-81.8398170.4775
57.0489-2.12038.97840.7481-2.973512.11120.08670.17860.3887-0.1051-0.2451-0.2402-0.0896-0.32040.15850.244-0.0104-0.02530.0616-0.0053-0.0306-111.805-91.5477138.264
60.42040.82710.5983.9177-0.58972.2125-0.0193-0.00230.1301-0.21490.03460.5485-0.2099-0.4944-0.01520.10170.041-0.02110.0747-0.02810.0542-114.9831-76.2736143.6061
71.0278-1.48360.00713.5583-0.12662.97570.14930.21450.51340.2474-0.03450.1968-0.4592-0.3931-0.11480.04710.03620.05160.0597-0.0360.0618-105.0604-75.6485149.4241
84.127-0.325-0.54441.97421.89161.8256-0.2916-0.75190.41790.30070.40240.1189-0.66060.0159-0.11070.1059-0.0233-0.0114-0.11780.056-0.0088-98.5225-64.6299152.8635
90.03180.167-0.05121.34590.16280.4795-0.06050.02840.43540.2691-0.0548-0.2042-0.2544-0.07410.11520.21410.0873-0.06070.01030.01750.0492-101.2617-68.8078137.6913
101.73820.85290.02632.9789-0.42721.54970.05580.04640.4549-0.0526-0.25610.105-0.546-0.11220.20020.3070.0536-0.03140.1279-0.00550.0449-103.364-58.0326129.7791
1145.867316.280518.230232.549513.450324.82790.9017-0.401-0.8701-1.4731-0.56310.66111.08170.9094-0.33860.1817-0.09120.055-0.18140.0291-0.2128-99.8818-89.6675135.1943
1210.0724-4.59466.99835.4091-5.51916.49640.19761.1757-0.9010.4220.1861-0.0490.9750.5911-0.38380.36460.0848-0.05570.0212-0.0882-0.1079-85.2717-80.1936152.7505
135.5373-5.4811-7.13926.57729.927216.30860.3050.3915-0.1161-1.4572-0.24740.6257-0.8581-0.1157-0.05760.3910.151-0.03480.17730.08960.1243-106.6522-70.6061114.0121
141.714-1.15370.4843.15741.12581.02170.04350.35960.106-0.30910.06160.2689-0.38030.0875-0.10510.23710.0433-0.03590.0655-0.0101-0.0493-94.1329-80.7609118.1644
150.04020.21390.11612.9133-0.13840.6587-0.2163-0.30940.2936-0.20740.0101-0.1411-0.1509-0.2070.20620.06730.03380.07220.08130.00150.0398-82.1106-82.2141120.2608
163.4261.94251.65421.69871.41841.1852-0.17740.93460.1825-0.62450.0987-0.0613-0.1430.63740.07870.15420.03550.08160.0670.09590.0775-79.8674-87.9318108.9805
170.4041-0.0445-0.73340.6227-0.31021.5785-0.21020.51320.1966-0.66730.1004-0.02780.2814-0.11850.10980.20130.01420.04430.0301-0.0028-0.0051-83.3676-95.1473107.8977
182.32850.26790.374717.96567.81293.4264-0.14010.1148-0.0459-0.61-0.39961.302-0.5451-0.30660.53980.492-0.0484-0.0551-0.0050.142-0.0856-93.4891-118.2041125.1457
193.18730.0391-0.43224.4231.04750.3092-0.0921-0.01020.1201-0.71170.16930.033-0.0160.2299-0.07720.20870.0113-0.03550.00710.0431-0.0589-83.306-117.165112.5352
200.64910.0671-0.05110.91870.13160.44380.00980.3380.1392-0.23870.1073-0.23620.1540.2596-0.11710.1615-0.00060.00970.0311-0.03640.0005-70.0752-114.1884118.3815
2139.2061-11.74189.95079.102-14.265348.30271.66821.058-1.5647-1.3917-1.4509-0.49490.6391-0.9351-0.2173-0.10690.1160.2331-0.4926-0.1751-0.0541-46.2126-134.7178105.3322
223.9736-0.8534-0.84980.4818-0.75643.1348-0.00730.271-0.6551-0.526-0.07590.07660.3365-0.02080.08320.2515-0.05720.0998-0.0981-0.0417-0.0004-68.8692-131.5481119.5492
2312.932714.0647-5.516933.406-0.86973.80660.5769-1.4706-0.63461.4967-0.0641-0.4517-0.5482-1.385-0.51280.2120.08470.0515-0.07750.0866-0.0089-85.6417-118.422133.9839
2415.2742-2.8981.64238.2191-6.680123.66790.7178-0.1409-0.5523-0.3830.60881.70050.3784-1.2742-1.32650.0615-0.0060.1185-0.0984-0.25920.1573-68.4334-100.0688134.158
251.3931-2.0628-0.13083.9722-0.46411.4765-0.1307-0.66780.02180.54870.36020.09770.02790.292-0.22950.18250.0107-0.09220.0348-0.07330.0065-70.0754-92.2072196.7612
262.6280.2627-1.71892.52051.09911.9130.1554-0.04050.03050.373-0.13560.1099-0.0484-0.0825-0.01990.17570.0129-0.091-0.0230.0101-0.0993-77.9548-99.8272187.63
271.04371.0151.42372.77220.45542.4253-0.1289-0.38810.0896-0.0726-0.1510.12860.4514-0.03770.27980.22370.06480.0514-0.0320.0384-0.0582-75.5724-106.8379177.1795
281.78840.7607-0.36574.3861-0.05430.07730.2265-0.6523-0.08190.4105-0.2524-0.22370.150.21440.02590.1988-0.0404-0.07460.0199-0.012-0.1261-66.9216-116.7289185.0167
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63X-RAY DIFFRACTION63F179 - 262
64X-RAY DIFFRACTION64F263 - 285
65X-RAY DIFFRACTION65F286 - 318
66X-RAY DIFFRACTION66F319 - 375
67X-RAY DIFFRACTION67F376 - 439
68X-RAY DIFFRACTION68F440 - 506
69X-RAY DIFFRACTION69F507 - 517
70X-RAY DIFFRACTION70F518 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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