[日本語] English
万見
- PDB-2a7s: Crystal Structure of the Acyl-CoA Carboxylase, AccD5, from Mycoba... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a7s
タイトルCrystal Structure of the Acyl-CoA Carboxylase, AccD5, from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 5
キーワードLIGASE / carboxylase / carboxyltransferase / acetyl-CoA carboxylase / propionyl-CoA carboxylase / Acyl-CoA Carboxylase / mycolic acid / fatty acid / polyketide
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / acetyl-CoA carboxytransferase / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / cell wall / acetyl-CoA carboxylase activity / carbon fixation / peptidoglycan-based cell wall / lipid metabolic process / transferase activity ...転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / acetyl-CoA carboxytransferase / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / cell wall / acetyl-CoA carboxylase activity / carbon fixation / peptidoglycan-based cell wall / lipid metabolic process / transferase activity / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta5 subunit / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta5 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lin, T. / Melgar, M. / Purdon, J. / Tseng, T. / Tsai, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure-based inhibitor design of AccD5, an essential acyl-CoA carboxylase carboxyltransferase domain of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Lin, T.W. / Melgar, M.M. / Kurth, D. / Swamidass, S.J. / Purdon, J. / Tseng, T. / Gago, G. / Baldi, P. / Gramajo, H. / Tsai, S.C.
履歴
登録2005年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 5
B: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 5
C: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 5
D: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 5
E: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 5
F: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,5206
ポリマ－356,5206
非ポリマー00
水20,4651136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45530 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area101220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.252, 175.252, 342.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a hexamer in the asymmetric unit (chain A-F)

-
要素

#1: タンパク質
Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 5 / PCCase / Propanoyl-CoA:carbon dioxide ligase


分子量: 59419.969 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: accD5, pccB / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: P96885, UniProt: P9WQH7*PLUS, propionyl-CoA carboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 15% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 5.60

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.033
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 118668 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ACYL-COA CARBOXYLASE FROM STREPTOMYCES COELICOLOR, PCCB

解像度: 2.9→47.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 26374.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 10861 10 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 108530 91.5 %-
all-118237 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.9355 Å2 / ksol: 0.293853 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å20 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3---3.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24180 0 0 1136 25316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 1676 10 %
Rwork0.284 15154 -
obs--86.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る