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万見
- PDB-3ib9: Propionyl-CoA Carboxylase Beta Subunit, D422L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ib9
タイトルPropionyl-CoA Carboxylase Beta Subunit, D422L
要素Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ACCase / PCCase / ACC / PCC / Propionyl-CoA / CT / Carboxyltransferase / Polyketide / Fatty Acid / PKS / FAS / Polyketide Synthase / Fatty Acid Synthase / Carboxylase / beta subunit / PccB / Acyl-CoA / Acyl-CoA Carboxylase / Streptomces / Streptomyces coelicolor / Biotin
機能・相同性
機能・相同性情報


propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Diacovich, L. / Arabolaza, A. / Shillito, E.M. / Lin, T.-W. / Mitchell, D.L. / Pham, H. / Melgar, M.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structures and mutational analyses of acyl-CoA carboxylase beta subunit of Streptomyces coelicolor.
著者: Arabolaza, A. / Shillito, M.E. / Lin, T.W. / Diacovich, L. / Melgar, M. / Pham, H. / Amick, D. / Gramajo, H. / Tsai, S.C.
履歴
登録2009年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
B: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1256
ポリマ－114,4442
非ポリマー6814
水6,107339
1
A: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
B: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
ヘテロ分子

A: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
B: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
ヘテロ分子

A: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
B: Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,37618
ポリマ－343,3336
非ポリマー2,04212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area47970 Å2
ΔGint-348 kcal/mol
Surface area99790 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area39190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.494, 168.494, 80.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Propionyl-CoA carboxylase complex B subunit


分子量: 57222.234 Da / 分子数: 2 / 変異: D422L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3 / 遺伝子: pccB, SCK13.18c, SCO4926 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X4K7
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris, 2.0M (NH4)SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月17日 / 詳細: Flat Mirror, Rh coated
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 96304 / 冗長度: 8.9 %
反射 シェル最高解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 3340 3.8 %
Rwork0.246 --
obs-66428 75.7 %
溶媒の処理Bsol: 62.593 Å2
原子変位パラメータBiso max: 114.49 Å2 / Biso mean: 34.83 Å2 / Biso min: 17.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.829 Å20 Å20 Å2
2---3.829 Å20 Å2
3---7.657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7904 0 42 339 8285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.287
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0012
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8642.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5btn.parbtn.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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