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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iai | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of the tumor-associated human carbonic anhydrase IX | |||||||||
要素 | Carbonic anhydrase 9 | |||||||||
キーワード | LYASE / CARBONIC ANHYDRASES / TRANSMEMBRANE PROTEINS / Cell membrane / Cell projection / Disulfide bond / Glycoprotein / Membrane / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transmembrane | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Alterio, V. / Di Fiore, A. / De Simone, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of the tumor-associated human carbonic anhydrase IX. 著者: Alterio, V. / Hilvo, M. / Di Fiore, A. / Supuran, C.T. / Pan, P. / Parkkila, S. / Scaloni, A. / Pastorek, J. / Pastorekova, S. / Pedone, C. / Scozzafava, A. / Monti, S.M. / De Simone, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iai.cif.gz | 261.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iai.ent.gz | 209.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3iai_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3iai_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3iai_validation.xml.gz | 62.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3iai_validation.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3iai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3iai | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1rj5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 28172.684 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRACELLULAR CATALYTIC DOMAIN / 変異: C41S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9, G250, MN / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase #2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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-非ポリマー , 6種, 1704分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-AZM / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-TRS / #7: 化合物 | ChemComp-PO4 / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.562 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.885 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 1.0 M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 122974 / Num. obs: 122974 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 28.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 11829 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RJ5 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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