PDB-3i82: Ethanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutL Clo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i82

タイトル

Ethanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutL Closed Form

要素

Ethanolamine utilization protein eutL

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / structural molecule activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structure and Mechanisms of a Protein-Based Organelle in Escherichia coli.
著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2009年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i82.cif.gz	53.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i82.ent.gz	37.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i82_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i82_full_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示
XML形式データ	3i82_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	3i82_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i6pC 3i71C 3i87SC 3i96C 3ia0C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gfh-1 6ard-d 4tlh-d 4tme-d 3gfh-2 6arc-d 4tm6-d 4fay-d 4fdz-d 5v75-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Ethanolamine utilization protein eutL

23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ethanolamine utilization protein eutL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.260, 67.260, 79.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Ethanolamine utilization protein eutL 分子量: 23875.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2439, eutL, JW2432, yffJ / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P76541
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M sodium/potassium phosphate, 2.5M sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97942 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97942 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→90 Å / Num. obs: 9144 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	9.5	0.576	1	97.1
2.38-2.48	9.4	0.489	1	96.5
2.48-2.59	9.5	0.423	1	96.6
2.59-2.73	9.5	0.327	1	96.2
2.73-2.9	9.5	0.25	1	95.8
2.9-3.12	9.6	0.196	1	95
3.12-3.44	9.5	0.148	1	94.7
3.44-3.93	9.4	0.108	1	94.1
3.93-4.95	9.2	0.075	1	92.3
4.95-90	9.5	0.066	1	89.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	58.25 Å
Translation	4 Å	58.25 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I87

3i87

解像度: 2.31→79.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 15.743 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.859 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24378	356	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20597	-	-	-
obs	0.20782	7091	77.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.967 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0.48 Å²	0 Å²
2-	-	0.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→79.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1576	0	0	44	1620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.275	1.969	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.267	3	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.652	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.027	24.426	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.202	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.694	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.965	2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.106	2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.593	3	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.098	2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.717	3	477
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.306→2.366 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	10	-
R_work	0.223	148	-
obs	-	-	22.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8454	0.1282	-0.15	2.2854	0.4847	0.4859	-0.0191	-0.0116	-0.0114	0.0566	0.0148	0.0214	0.0557	-0.05	0.0043	0.0139	-0.0007	-0.0138	0.0214	0.017	0.1021	-14.2809	12.6054	18.0941
2	1.2427	-0.5939	-0.2089	1.8962	-0.2823	0.8324	0.063	0.0298	0.1019	-0.107	-0.0404	-0.0119	-0.0298	-0.0157	-0.0226	0.0133	-0.0018	-0.0116	0.0153	0.0009	0.1092	-16.9734	33.6518	17.3081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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