PDB-3i79: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i79

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1)

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / protein kinase / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors.
著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...

履歴

登録	2009年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3i79_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	3i79_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	3i79_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i79	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3i7bC 3i7cC 3mwu 3n51 3ncg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t6k-d 5t6a-d 4ihp-d 4ona-d 6bfa-d 5jms-d 5w9r-d 4wg5-d 4wg3-d 5w8r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.144, 71.861, 67.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a 3C cleavable His-tag and linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: CDPK1 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M tri-ammonium citrate; cryoprotected with 15% ethylene glycol, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	0.97923
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	0.97923

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MarUSA MarMosaic -325 CCD	1	CCD	2009年4月22日
MarUSA MarMosaic -325 CCD	2	CCD	2009年4月22日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double crystal	SAD	x-ray	1
2	Double crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

波長: 0.97923 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.7 % / Av σ(I) over netI: 27.54 / 数: 154144 / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 1.03 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20099 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.95	50	99.8	1	0.05	1.009	7.5
3.93	4.95	100	1	0.049	1.107	7.7
3.44	3.93	100	1	0.074	1.088	7.7
3.12	3.44	100	1	0.113	1.082	7.7
2.9	3.12	100	1	0.183	1.06	7.7
2.73	2.9	100	1	0.3	1.04	7.7
2.59	2.73	100	1	0.451	0.987	7.7
2.48	2.59	100	1	0.647	0.982	7.7
2.38	2.48	100	1	0.785	0.971	7.7
2.3	2.38	100	1	0.954	0.969	7.7

反射

解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 28324 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度: 2.04→2.12 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2799 / Χ²: 1.041 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.68 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.34 / 反射: 12526

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.951	0.463	0.189	0.501
2	Se	43.829	0.672	0.649	0.114	0.745
3	Se	45.157	0.2	0.05	0.069	0.635
4	Se	41.747	0.09	0.092	0.174	0.588
5	Se	60	0.988	0.461	0.412	0.571
6	Se	52.292	0.687	0.73	0.365	0.534
7	Se	24.001	0.415	0.641	0.063	0.281
8	Se	60	0.429	0.005	0.143	0.49
9	Se	60	0.107	0.812	0.206	0.458
10	Se	60	0.889	0.346	0.237	0.486
11	Se	60	0.817	0.383	0.231	0.399
12	Se	31.909	0.011	0.798	0.428	0.221

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.68-50	0.47	597
6.1-9.68	0.48	1046
4.77-6.1	0.47	1327
4.04-4.77	0.44	1558
3.57-4.04	0.37	1778
3.23-3.57	0.31	1937
2.97-3.23	0.25	2069
2.77-2.97	0.18	2214

Phasing dm

FOM : 0.65 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.67 / 反射: 19305 / Reflection acentric: 18508 / Reflection centric: 797

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.6-39.324	0.92	0.93	0.86	887	775	112
4.1-6.6	0.89	0.9	0.84	2684	2513	171
3.3-4.1	0.81	0.82	0.72	3345	3196	149
2.9-3.3	0.63	0.63	0.56	3309	3189	120
2.5-2.9	0.51	0.51	0.48	5700	5534	166
2.3-2.5	0.46	0.46	0.45	3380	3301	79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0096	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.04→36.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 12.26 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES ARE RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	1431	5.1 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
obs	0.215	28302	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.65 Å² / B_iso mean: 30.032 Å² / B_iso min: 6.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0.89 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→36.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3650	0	4	75	3729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.866	1.971	5026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.769	3	6384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.66	5	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.314	24.944	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.157	15	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.522	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.177	4	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.265	4	932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.025	6	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.143	6	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.471	10	1361

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.044-2.097	0.285	112	0.266	1910	2103	96.148
2.097-2.154	0.283	92	0.242	1924	2016	100
2.154-2.217	0.282	88	0.231	1889	1978	99.949
2.217-2.285	0.273	102	0.234	1826	1929	99.948
2.285-2.36	0.27	74	0.215	1762	1836	100
2.36-2.443	0.256	102	0.208	1719	1821	100
2.443-2.535	0.275	99	0.213	1668	1767	100
2.535-2.638	0.225	86	0.24	1579	1665	100
2.638-2.755	0.264	69	0.233	1530	1599	100
2.755-2.889	0.299	76	0.224	1469	1545	100
2.889-3.045	0.229	73	0.225	1387	1461	99.932
3.045-3.229	0.272	70	0.235	1333	1403	100
3.229-3.452	0.268	65	0.219	1234	1299	100
3.452-3.728	0.273	65	0.219	1152	1217	100
3.728-4.082	0.246	61	0.185	1064	1125	100
4.082-4.562	0.189	62	0.182	951	1016	99.705
4.562-5.263	0.239	44	0.19	857	901	100
5.263-6.436	0.361	53	0.235	710	763	100
6.436-9.058	0.172	19	0.191	585	605	99.835
9.058-65.512	0.281	19	0.178	322	350	97.429

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5352	-2.5338	1.5174	5.0096	-1.3232	4.8438	-0.1579	0.0213	0.3163	0.1554	0.046	-0.1739	-0.5108	-0.0227	0.1119	0.2352	-0.0275	-0.0789	0.1485	-0.0093	0.2006	13.472	17.444	72.971
2	0.7495	-0.4768	0.2979	1.917	-0.6663	2.9999	0.0297	-0.0232	0.0625	0.0406	-0.1114	-0.1334	0.1219	0.1854	0.0817	0.1687	-0.0139	-0.0188	0.2119	-0.0214	0.2184	10.115	14.922	58.175
3	2.2812	-0.334	0.2332	3.6115	0.5259	2.1851	0.0903	0.2552	0.0585	-0.5442	-0.1442	-0.0482	0.0887	0.1628	0.0539	0.24	0.0503	-0.0202	0.2213	-0.0118	0.1221	6.628	22.522	41.035
4	1.1013	-0.0988	-0.0259	2.4711	2.9042	8.6606	-0.1118	0.0979	-0.0007	0.6349	0.2199	-0.3714	0.7607	0.2137	-0.1082	0.2998	0.0751	-0.042	0.1802	0.017	0.3439	25.356	28.863	68.062
5	4.4142	-8.4739	-2.3782	19.5609	-1.1774	11.3114	0.1461	0.5142	0.5457	-0.1894	-0.7557	-1.5158	0.1779	-0.5434	0.6096	0.3318	0.0788	-0.3285	0.2258	-0.0213	0.5668	28.572	26.115	79.59
6	8.6664	-2.8575	-3.3942	0.9917	1.3592	5.6931	0.1521	0.2902	0.1846	-0.0212	0.0162	-0.0208	-0.3597	-0.0443	-0.1683	0.1674	0.0531	0.015	0.2416	0.09	0.3089	31.048	39.657	53.458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 314
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	315 - 387
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	388 - 442
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	443 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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