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- PDB-3i6s: Crystal Structure of the plant subtilisin-like protease SBT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i6s
タイトルCrystal Structure of the plant subtilisin-like protease SBT3
要素Subtilisin-like protease
キーワードHYDROLASE / subtilisin-like / protease / PA-domain / FN3-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell wall pectin metabolic process / plant-type cell wall modification / positive regulation of defense response to insect / self proteolysis / peptide catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / defense response / response to wounding / serine-type endopeptidase activity ...regulation of cell wall pectin metabolic process / plant-type cell wall modification / positive regulation of defense response to insect / self proteolysis / peptide catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / defense response / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2310 / Cucumisin-like catalytic domain / Subtilisin-like protease, fibronectin type-III domain / Subtilisin-like protease / Fibronectin type-III domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / Glucose Oxidase; domain 1 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily ...Immunoglobulin-like - #2310 / Cucumisin-like catalytic domain / Subtilisin-like protease, fibronectin type-III domain / Subtilisin-like protease / Fibronectin type-III domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / Glucose Oxidase; domain 1 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / 3-Layer(bba) Sandwich / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin-like protease SBT3
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rose, R. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis for Ca2+-independence and activation by homodimerization of tomato subtilase 3.
著者: Ottmann, C. / Rose, R. / Huttenlocher, F. / Cedzich, A. / Hauske, P. / Kaiser, M. / Huber, R. / Schaller, A.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilisin-like protease
B: Subtilisin-like protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3698
ポリマ－139,2952
非ポリマー3,0746
水9,044502
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint55 kcal/mol
Surface area49410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.890, 143.890, 195.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A113 - 761
2112B113 - 761

-
要素

#1: タンパク質 Subtilisin-like protease


分子量: 69647.500 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 113-761 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: O82777
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 100 mM Bicine, 2.0 M NaCl, 10% (w/v) PEG 6000, 10 mM hexamminecobalt(III) chloride, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA11.5
シンクロトロンSLS X10SA21.008
回転陽極RIGAKU31.541
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2007年6月30日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2008年5月25日
MAR scanner 345 mm plate3IMAGE PLATE2007年8月13日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.51
21.0081
31.5411
Reflection数: 1017085 / Rmerge(I) obs: 0.112 / D res high: 2.5 Å / Num. obs: 135037 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
152036899.710.045
1015148499.810.05
5101480799.910.063
451611310010.08
3.84549899.910.092
3.53.81077399.910.107
3.43.5450799.910.124
33.42444499.910.176
2.535704399.910.424
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 135407 / Num. obs: 71081 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 12.13
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obs% possible all
2.5-30.4245.199.9
3-3.40.17611.399.9
3.4-3.50.12414.999.9
3.5-3.80.10716.799.9
3.8-40.09218.599.9
4-50.0820.9100
5-100.06322.999.9
10-150.0524.999.8
15-200.04524.899.7

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing dmFOM : 0.73 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.7 / 反射: 25676 / Reflection acentric: 22551 / Reflection centric: 3125
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10-19.8980.890.90.86983735248
6.3-100.840.850.8134142861553
5-6.30.770.770.7343243766558
4.4-50.770.790.6943613860501
3.8-4.40.70.710.6477776972805
3.5-3.80.590.60.5248174357460
Phasing MIR der
IDDer set-ID
11
21
31
Phasing MIR der site
IDDer-IDBiso (Å)Atom type symbolFract xFract yFract zOccupancy
1160Cs0.51620.05480.0660.9622
1234.0941Cs0.26030.05320.05630.3096
1323.2865Cs0.31880.06620.04740.3968
2111.8249Hg0.22190.08710.11440.4994
2260Hg0.61320.14210.03610.4974
231Hg0.24930.08780.10720.0081

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE2.09位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28262 3554 5 %RANDOM
Rwork0.2486 ---
obs0.25032 67526 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9 Å20 Å20 Å2
2---1.9 Å20 Å2
3---3.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9666 0 204 502 10372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1621.9813769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4251269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.03224.148393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.118151564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1681552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4581.56377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.864210295
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22433727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0764.53474
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2552tight positional0.020.05
2261medium positional0.030.5
2552tight thermal0.320.5
2261medium thermal0.362
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 256 -
Rwork0.338 4864 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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