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- PDB-3i6p: Ethanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i6p
タイトルEthanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutM
要素Ethanolamine utilization protein eutM
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / protein hexamerization / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits ...BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein EutM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structure and Mechanisms of a Protein-Based Organelle in Escherichia coli.
著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02017年11月1日Group: Advisory / Atomic model / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / software
Item: _atom_site.occupancy
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine utilization protein eutM
B: Ethanolamine utilization protein eutM
C: Ethanolamine utilization protein eutM
D: Ethanolamine utilization protein eutM
E: Ethanolamine utilization protein eutM
F: Ethanolamine utilization protein eutM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9809
ポリマ－65,6926
非ポリマー2883
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.480, 99.480, 113.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETLEULEUAA1 - 901 - 90
211METMETLEULEUDD1 - 901 - 90
112METMETALAALABB1 - 251 - 25
212METMETALAALAEE1 - 251 - 25
122LYSLYSALAALABB29 - 6229 - 62
222LYSLYSALAALAEE29 - 6229 - 62
132ILEILEILEILEBB66 - 7566 - 75
232ILEILEILEILEEE66 - 7566 - 75
142HISHISLEULEUBB79 - 9079 - 90
242HISHISLEULEUEE79 - 9079 - 90
113METMETALAALACC1 - 251 - 25
213METMETALAALAFF1 - 251 - 25
123LYSLYSALAALACC29 - 6229 - 62
223LYSLYSALAALAFF29 - 6229 - 62
133ILEILEILEILECC66 - 7566 - 75
233ILEILEILEILEFF66 - 7566 - 75
143HISHISLEULEUCC79 - 9079 - 90
243HISHISLEULEUFF79 - 9079 - 90

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Ethanolamine utilization protein eutM


分子量: 10948.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2457, cchA, eutM, JW2441, yffZ / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P0ABF4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05M MES, 0.015M magnesium sulfate, 8% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→90 Å / Num. obs: 34162 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.187.60.49333620.9571100
2.18-2.267.60.47733581.3131100
2.26-2.377.70.33433671.122199.9
2.37-2.497.70.20433821.0231100
2.49-2.657.70.17133741.008199.9
2.65-2.857.70.13534011.015199.8
2.85-3.147.60.11534021.007199.9
3.14-3.597.60.09534291.004199.8
3.59-4.527.50.08734711.011199.5
4.52-907.10.06336160.945198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5 Å74.92 Å
Translation5 Å74.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BN4

3bn4


解像度: 2.1→74.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.28 / WRfactor Rwork: 0.228 / Occupancy max: 1 / FOM work R set: 0.694 / SU B: 14.342 / SU ML: 0.179 / SU R Cruickshank DPI: 0.246 / SU Rfree: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1639 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 32287 94.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.61 Å2 / Biso mean: 38.661 Å2 / Biso min: 19.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→74.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 15 170 4007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.9925300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91436450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9015551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.4723.171123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.26815693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4611533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.14922673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.42321131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3934236
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62421248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.17431055
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A525TIGHT POSITIONAL0.020.05
1A543LOOSE POSITIONAL0.025
1A525TIGHT THERMAL0.140.5
1A543LOOSE THERMAL0.1110
2B469TIGHT POSITIONAL0.030.05
2B440LOOSE POSITIONAL0.035
2B469TIGHT THERMAL0.170.5
2B440LOOSE THERMAL0.1310
3C471TIGHT POSITIONAL0.020.05
3C448LOOSE POSITIONAL0.035
3C471TIGHT THERMAL0.140.5
3C448LOOSE THERMAL0.1310
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 40 -
Rwork0.293 919 -
all-959 -
obs--38.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0585-0.77820.18180.956-0.13552.0473-0.014-0.1042-0.1387-0.1165-0.0420.13380.0457-0.12590.056-0.13520.0452-0.0071-0.13010.0007-0.050716.1702-33.656126.9152
21.7409-1.5570.40651.5515-0.40290.79940.0856-0.0398-0.2185-0.158-0.04220.19650.0449-0.0388-0.0434-0.1254-0.005-0.0101-0.1207-0.0005-0.019415.9359-33.914726.937
31.5156-1.184-0.43141.1440.49851.39940.0953-0.1314-0.1361-0.09970.09260.1140.09850.053-0.1878-0.08720.006-0.0174-0.13860.0271-0.044315.8363-33.958826.9631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION1D1 - 90
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 90
4X-RAY DIFFRACTION2E1 - 90
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 90
6X-RAY DIFFRACTION3F1 - 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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