PDB-3i6f: Ribonuclease A by Classical hanging drop method before high X-Ray...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i6f

タイトル

Ribonuclease A by Classical hanging drop method before high X-Ray dose on ESRF ID14-2 beamline

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease A / Disulfide bond / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Pechkova, E. / Tripathi, S.K. / Ravelli, R. / McSweeney, S. / Nicolini, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Atomic structure and radiation resistance of langmuir-blodgett protein crystals
著者: Pechkova, E. / McSweeney, S. / Nicolini, C.

履歴

登録	2009年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i6f.cif.gz	63.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i6f.ent.gz	47.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i67C 3i6hC 3i6jC 2blpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i67-1 3dic-2 4ao1-1 3i6h-1 3mzr-2 4j5z-1 3di7-2 3di8-2 5cuq-2 4ooh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (10) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.306, 64.306, 63.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-247- HOH
2	1	A-297- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1.2
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月14日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→55 Å / Num. obs: 35983 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.081 / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / R_sym value: 0.802 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

開始モデル: 2BLP

2blp

解像度: 1.3→28.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 1.446 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22031	1890	5 %	RANDOM
R_work	0.20298	-	-	-
obs	0.20387	35983	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.448 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	1	204	1156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	975
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.084	1.925	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.522	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.854	25.227	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.332	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.271	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.3	431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.5	687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.5	232
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.3	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.266	0.5	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.263	2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.997	3	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.314	2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.837	3	310
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.429	112	-
R_work	0.354	2656	-
obs	-	-	99.89 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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