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万見
- PDB-3i5a: Crystal structure of full-length WpsR from Pseudomonas syringae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i5a
タイトルCrystal structure of full-length WpsR from Pseudomonas syringae
要素Response regulator/GGDEF domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / c-di-GMP / GGDEF / CheY
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / STRONTIUM ION / Response regulator/GGDEF domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.796 Å
データ登録者Navarro, M.V.A.S. / De, N. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Determinants for the activation and autoinhibition of the diguanylate cyclase response regulator WspR.
著者: De, N. / Navarro, M.V. / Raghavan, R.V. / Sondermann, H.
履歴
登録2009年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator/GGDEF domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4234
ポリマ－36,9551
非ポリマー1,4683
水54030
1
A: Response regulator/GGDEF domain protein
ヘテロ分子

A: Response regulator/GGDEF domain protein
ヘテロ分子

A: Response regulator/GGDEF domain protein
ヘテロ分子

A: Response regulator/GGDEF domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,69316
ポリマ－147,8204
非ポリマー5,87412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13970 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area54810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.700, 181.200, 39.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-354-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Response regulator/GGDEF domain protein / Response regulator WspR


分子量: 36954.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO1499, PSPTO_1499, WspR / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q886S7
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: NaCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.796→50 Å / Num. all: 10454 / Num. obs: 10062 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.3 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.96 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1462 / Rsym value: 0.544 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.796→47.543 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.819 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 503 5 %random
Rwork0.238 9547 --
obs0.239 10050 96.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.694 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 101.51 Å2 / Biso mean: 47.143 Å2 / Biso min: 21.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.896 Å2-0 Å20 Å2
2---13.853 Å20 Å2
3---8.957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.796→47.543 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2472 0 93 30 2595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0933573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4861005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005461
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7959-3.07720.3151180.26842256X-RAY DIFFRACTION93
3.0772-3.52240.28681270.25122408X-RAY DIFFRACTION100
3.5224-4.43730.29161230.25632321X-RAY DIFFRACTION94
4.4373-47.54940.22041350.20472562X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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