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- PDB-3i4o: Crystal Structure of Translation Initiation Factor 1 from Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i4o
タイトルCrystal Structure of Translation Initiation Factor 1 from Mycobacterium tuberculosis
要素Translation initiation factor IF-1
キーワードTRANSLATION / translation initiation / IF1 / Initiation factor / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / peptidoglycan-based cell wall / ribosome binding / rRNA binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF-1 / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor IF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Hatzopoulos, G.N. / Mueller-Dieckmann, J.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: Structure of translation initiation factor 1 from Mycobacterium tuberculosis and inferred binding to the 30S ribosomal subunit.
著者: Hatzopoulos, G.N. / Mueller-Dieckmann, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of initiation factor 1 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Hatzopoulos, G.N. / Mueller-Dieckmann, J.
履歴
登録2009年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor IF-1
B: Translation initiation factor IF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2712
ポリマ－18,2712
非ポリマー00
水2,936163
1
A: Translation initiation factor IF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1361
ポリマ－9,1361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Translation initiation factor IF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1361
ポリマ－9,1361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.95, 76.54, 28.03
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor IF-1 / Translation Initiation Factor 1


分子量: 9135.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv
遺伝子: infA, MCB1222.32c, MT3568, MTCY13E12.15c, Rv3462c, Rv3462c (infA)
プラスミド: pET151/D/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RP / 参照: UniProt: P0A5H5, UniProt: P9WKK3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 % / Mosaicity: 0.5 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 12-16% (w/v) PEG 8000, 50-200mM KCl and 8-16% (v/v) glycerol, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A10.9749
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A20.9201
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2006年4月6日
MAR CCD 165 mm2CCD2006年8月17日
放射モノクロメーター: Si [111], horizontally focussing / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97491
20.92011
Reflection冗長度: 13.7 % / Av σ(I) over netI: 19.63 / 数: 346683 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.07 / D res high: 1.52 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 25215 / % possible obs: 97.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.123097.510.051.02212.8
3.274.129910.0480.99213.9
2.863.2799.310.0591.01914.2
2.62.8699.110.071.0414.3
2.412.698.610.0851.06314.4
2.272.4198.110.0811.05614.4
2.162.2798.310.0871.06414.7
2.062.1698.910.0921.07114.4
1.982.0696.110.1061.10314.7
1.911.9899.910.1231.11614.3
1.861.9195.910.1511.12414.5
1.81.8698.810.181.13113.9
1.751.897.710.2141.11614.1
1.711.7595.410.2511.09913.7
1.671.7199.910.3021.09613.4
1.641.6795.110.3391.05513.5
1.61.6495.610.4281.04413.2
1.571.699.910.4731.0112.9
1.551.5794.410.5250.98913.1
1.521.5592.210.6271.08610.4
反射解像度: 1.47→38.27 Å / Num. all: 27919 / Num. obs: 27447 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 3.3 / Observed criterion σ(I): 4.5 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.47-1.56.70.35913171.174197
1.5-1.527.30.28113710.99199.9
1.52-1.557.30.25913381.025197.2
1.55-1.587.40.21213511.033198.7
1.58-1.627.30.1913751.0721100
1.62-1.667.40.17913571.092197.2
1.66-1.77.40.15513661.1071100
1.7-1.747.20.14313851.119199.6
1.74-1.797.50.13213491.126198.7
1.79-1.857.30.12413961.1091100
1.85-1.927.40.11113461.091198.8
1.92-1.997.30.10614121.074199.9
1.99-2.097.40.09813741.054199.4
2.09-2.27.30.09313991.045199.6
2.2-2.337.30.09614101.0391100
2.33-2.517.40.0914031.043199.9
2.51-2.777.30.08914141.04199.9
2.77-3.177.20.07914331.023199.7
3.17-3.996.70.06813981.007195.6
3.99-305.80.05212990.978183.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BESTデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.47→26.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.891 / SU B: 1.769 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.076 / SU Rfree: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 1376 5 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.16 27447 98.21 %-
all-27919 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.49 Å2 / Biso mean: 21.39 Å2 / Biso min: 11.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→26.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1112 0 0 163 1275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.9891780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4535169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43722.22263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74715247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0081516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9091.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.90521289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7793524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9334.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.08331298
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.62931255
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 97 -
Rwork0.155 1896 -
all-1993 -
obs--98.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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