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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i4a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dimethylarginine dimethylaminohydrolase-1 (DDAH-1) in complex with N5-(1-iminopropyl)-L-ornithine | ||||||
![]() | N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / DDAH / NITRIC OXIDE SYNTHASE REGULATION / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / amino acid binding / nitric oxide metabolic process / catalytic activity ...dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / amino acid binding / nitric oxide metabolic process / catalytic activity / nitric oxide mediated signal transduction / eNOS activation / arginine catabolic process / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Monzingo, A.F. / Wang, Y. / Hu, S. / Schaller, T.H. / Fast, W. / Robertus, J.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Developing dual and specific inhibitors of dimethylarginine dimethylaminohydrolase-1 and nitric oxide synthase: toward a targeted polypharmacology to control nitric oxide. 著者: Wang, Y. / Monzingo, A.F. / Hu, S. / Schaller, T.H. / Robertus, J.D. / Fast, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999324, -0.036751, 0.0006), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33623.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.31 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% (w/v) PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月21日 / 詳細: VariMax High Flux Optics |
放射 | モノクロメーター: VariMax High Flux Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.486 |
反射 | 解像度: 1.898→25.12 Å / Num. obs: 42222 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.898→1.93 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Num. unique all: 2048 / Χ2: 0.6 / % possible all: 94.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3I2E 解像度: 1.898→25.12 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: detwinning algorithm used during refinement
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.55 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.25 Å2 / Biso mean: 30.402 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.898→25.12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %
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