[日本語] English
- PDB-3i4a: Crystal structure of dimethylarginine dimethylaminohydrolase-1 (D... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i4a
タイトルCrystal structure of dimethylarginine dimethylaminohydrolase-1 (DDAH-1) in complex with N5-(1-iminopropyl)-L-ornithine
要素N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / DDAH / NITRIC OXIDE SYNTHASE REGULATION / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / amino acid binding / nitric oxide metabolic process / catalytic activity ...dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / amino acid binding / nitric oxide metabolic process / catalytic activity / nitric oxide mediated signal transduction / eNOS activation / arginine catabolic process / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dimethylarginine dimethylaminohydrolase / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic / Arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N5-(1-iminopropyl)-L-ornithine / N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者Monzingo, A.F. / Wang, Y. / Hu, S. / Schaller, T.H. / Fast, W. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2009
タイトル: Developing dual and specific inhibitors of dimethylarginine dimethylaminohydrolase-1 and nitric oxide synthase: toward a targeted polypharmacology to control nitric oxide.
著者: Wang, Y. / Monzingo, A.F. / Hu, S. / Schaller, T.H. / Robertus, J.D. / Fast, W.
履歴
登録2009年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年7月16日Group: Other
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6214
ポリマ-67,2472
非ポリマー3742
1,78399
1
A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8112
ポリマ-33,6231
非ポリマー1871
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8112
ポリマ-33,6231
非ポリマー1871
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.600, 80.130, 73.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain C or (chain A and resid 274)A - C0
211chain D or (chain B and resid 274)B - D0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999324, -0.036751, 0.0006), (-0.036748, -0.999313, -0.004775), (0.000775, 0.00475, -0.999988)
ベクター: 22.808201, -38.0159, -58.340199)

-
要素

#1: タンパク質 N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 / Dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 / DDAH-1 / DDAHI / Dimethylargininase-1


分子量: 33623.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDAH, DDAH1 / プラスミド: PET28A-HDDAH-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O94760, dimethylargininase
#2: 化合物 ChemComp-LN5 / N5-(1-iminopropyl)-L-ornithine / (2S)-2-azanyl-5-(propanimidoylamino)pentanoic acid / N5-(1-イミノプロピル)-L-オルニチン


分子量: 187.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H17N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% (w/v) PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月21日 / 詳細: VariMax High Flux Optics
放射モノクロメーター: VariMax High Flux Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.486
反射解像度: 1.898→25.12 Å / Num. obs: 42222 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.898→1.93 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Num. unique all: 2048 / Χ2: 0.6 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3I2E
解像度: 1.898→25.12 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: detwinning algorithm used during refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2041 5.03 %random
Rwork0.174 ---
obs0.178 40594 92.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.55 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 60.25 Å2 / Biso mean: 30.402 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.692 Å20 Å2-2.01 Å2
2--5.599 Å20 Å2
3----2.907 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.898→25.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4178 0 26 99 4303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.115782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6831602
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11A19X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
12B19X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.898-1.9310.383920.35316591751
1.931-1.9660.36760.28716531729
1.966-2.0030.31980.24518891987
2.003-2.0440.309930.24619192012
2.044-2.0890.292850.22519242009
2.089-2.1370.2841070.2219262033
2.137-2.1910.3561020.22319222024
2.191-2.250.489640.29516681732
2.25-2.3160.3811020.25216911793
2.316-2.3910.228910.20519802071
2.391-2.4760.3541140.20219512065
2.476-2.5750.246900.19620182108
2.575-2.6920.236980.19820292127
2.692-2.8340.2741100.19320592169
2.834-3.0110.2681080.17520112119
3.011-3.2430.241000.16820612161
3.243-3.5690.2241030.14820822185
3.569-4.0840.2021020.12519592061
4.084-5.1380.1571100.11521102220
5.138-25.1220.197970.14221412238

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る