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- PDB-3i48: Crystal structure of beta toxin from Staphylococcus aureus F277A,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i48
タイトルCrystal structure of beta toxin from Staphylococcus aureus F277A, P278A mutant with bound magnesium ions
要素Beta-hemolysin
キーワードTOXIN / beta toxin / hemolysin / sphingomyelinase
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin metabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase activity / killing of cells of another organism / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sphingomyelin phosphodiesterase 2-like / Sphingomyelinase C/phospholipase C / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-hemolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus RN4220 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Huseby, M. / Shi, K. / Kruse, A.C. / Ohlendorf, D.H.
引用
ジャーナル: to be published / 年: 2009
タイトル: Structure and biological functions of beta toxin from Staphylococcus aureus: Role of the hydrophobic beta hairpin in virulence
著者: Huseby, M. / Shi, K. / Kruse, A.C. / Digre, J. / Mengistu, F. / Bohach, G.A. / Schlievert, P.S. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2007
タイトル: Structure and biological activities of beta toxin from Staphylococcus aureus.
著者: Huseby, M. / Shi, K. / Brown, C.K. / Digre, J. / Mengistu, F. / Seo, K.S. / Bohach, G.A. / Schlievert, P.M. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A.
履歴
登録2009年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hemolysin
B: Beta-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4236
ポリマ－72,1842
非ポリマー2394
水8,503472
1
A: Beta-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2113
ポリマ－36,0921
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2113
ポリマ－36,0921
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.900, 68.577, 126.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-hemolysin


分子量: 36092.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-330 / 変異: F310A, P311A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus RN4220 (黄色ブドウ球菌)
株: RN2440 / 遺伝子: hlb / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7LAI8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, 0.1 M MES, 5mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 51464 / Num. obs: 51464 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2493 / Χ2: 0.982 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
CrystalClearデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3I41

3i41


解像度: 1.8→28.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2625 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.185 48742 99.84 %-
all-51405 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.87 Å2 / Biso mean: 28.979 Å2 / Biso min: 13.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4666 0 12 472 5150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9436493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9145579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6725.527237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13515825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.5161510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1161.52891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8724682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36731903
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5324.51811
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 217 -
Rwork0.212 3510 -
all-3727 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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