PDB-3i45: CRYSTAL STRUCTURE OF putative twin-arginine translocation pathway...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i45

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative twin-arginine translocation pathway signal protein from Rhodospirillum rubrum Atcc 11170

要素

Twin-arginine translocation pathway signal protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / twin-arginine translocation pathway signal protein / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative twin-arginine translocation pathway signal protein from Rhodospirillum rubrum Atcc 11170
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i45.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i45.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i45_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i45_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	3i45_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	3i45_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2x7h-2 4mpt-2 4q6w-2 4gjb-1 3op5-1 1m6e-d 2x1h-2 6unx-d 4pag-2 6d1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11237a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Twin-arginine translocation pathway signal protein

ヘテロ分子

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.473, 91.835, 48.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Twin-arginine translocation pathway signal protein 分子量: 42569.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア) 株: ATCC 11170 / 遺伝子: Rru_A0563 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q2RWX8
#2: 化合物	ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID / ニコチン酸分子量: 123.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.1 % / Av σ(I) over netI: 27.46 / 数: 321373 / R_merge(I) obs: 0.039 / Χ²: 1.6 / D res high: 1.36 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 156188 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.69	50	92.9	1	0.027	2.248	2.1
2.93	3.69	98.8	1	0.025	1.948	2
2.56	2.93	99.4	1	0.035	2.645	2.1
2.33	2.56	99.5	1	0.045	3.214	2.1
2.16	2.33	99.4	1	0.042	2.587	2.1
2.03	2.16	99.5	1	0.041	1.965	2.1
1.93	2.03	99.5	1	0.045	1.733	2.1
1.85	1.93	99.6	1	0.053	1.595	2.1
1.77	1.85	99.6	1	0.061	1.5	2.1
1.71	1.77	99.6	1	0.071	1.4	2.1
1.66	1.71	99.6	1	0.083	1.303	2.1
1.61	1.66	99.6	1	0.097	1.239	2.1
1.57	1.61	99.6	1	0.108	1.215	2.1
1.53	1.57	99.6	1	0.128	1.189	2
1.5	1.53	99.6	1	0.151	1.117	2
1.47	1.5	99.6	1	0.167	1.064	2
1.44	1.47	99.6	1	0.204	1.026	2
1.41	1.44	99.8	1	0.235	0.997	2
1.38	1.41	99.7	1	0.275	0.975	2
1.36	1.38	98.8	1	0.309	0.911	2

反射

解像度: 1.36→50 Å / Num. obs: 156188 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Χ²: 1.603 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.36-1.38	2	0.309	7771	0.911	1	98.8
1.38-1.41	2	0.275	7835	0.975	1	99.7
1.41-1.44	2	0.235	7872	0.997	1	99.8
1.44-1.47	2	0.204	7871	1.026	1	99.6
1.47-1.5	2	0.167	7848	1.064	1	99.6
1.5-1.53	2	0.151	7819	1.117	1	99.6
1.53-1.57	2	0.128	7793	1.189	1	99.6
1.57-1.61	2.1	0.108	7854	1.215	1	99.6
1.61-1.66	2.1	0.097	7848	1.239	1	99.6
1.66-1.71	2.1	0.083	7913	1.303	1	99.6
1.71-1.77	2.1	0.071	7821	1.4	1	99.6
1.77-1.85	2.1	0.061	7855	1.5	1	99.6
1.85-1.93	2.1	0.053	7838	1.595	1	99.6
1.93-2.03	2.1	0.045	7820	1.733	1	99.5
2.03-2.16	2.1	0.041	7834	1.965	1	99.5
2.16-2.33	2.1	0.042	7831	2.587	1	99.4
2.33-2.56	2.1	0.045	7856	3.214	1	99.5
2.56-2.93	2.1	0.035	7791	2.645	1	99.4
2.93-3.69	2	0.025	7824	1.948	1	98.8
3.69-50	2.1	0.027	7294	2.248	1	92.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.36→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.183 / WR_factor R_work: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.934 / SU B: 1.723 / SU ML: 0.029 / SU R Cruickshank DPI: 0.011 / SU R_free: 0.011 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.011 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.174	3983	5 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
obs	0.159	79310	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.46 Å² / B_iso mean: 12.741 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2924	0	9	436	3369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.962	4178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.26	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.152	23.015	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.169	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.89	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.644	3.5	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.837	50	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.628	50	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.016	4.5	1122

LS精密化シェル

解像度: 1.357→1.393 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	275	-
R_work	0.199	5341	-
all	-	5616	-
obs	-	-	96.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.1358 Å / Origin y: 4.5184 Å / Origin z: 35.1779 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0432 Å²	0.0037 Å²	-0.0103 Å²	-	0.003 Å²	-0.0054 Å²	-	-	0.0198 Å²
L	0.7507 °²	0.1415 °²	-0.1322 °²	-	0.2856 °²	-0.0757 °²	-	-	0.8452 °²
S	0.0069 Å °	-0.0042 Å °	-0.039 Å °	0.0038 Å °	0.0006 Å °	0.0226 Å °	0.0579 Å °	-0.0179 Å °	-0.0075 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 379
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	388 - 824

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