PDB-3i2h: Cocaine Esterase with mutation L169K, bound to DTT adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i2h

タイトル

Cocaine Esterase with mutation L169K, bound to DTT adduct

要素

Cocaine esterase

キーワード

HYDROLASE / Alpha/Beta hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

cocaine esterase / cocaine catabolic process / dipeptidyl-peptidase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Difference fourier / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tesmer, J.J.G. / Nance, M.R.

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2010
タイトル: Structural analysis of thermostabilizing mutations of cocaine esterase.
著者: Narasimhan, D. / Nance, M.R. / Gao, D. / Ko, M.C. / Macdonald, J. / Tamburi, P. / Yoon, D. / Landry, D.M. / Woods, J.H. / Zhan, C.G. / Tesmer, J.J. / Sunahara, R.K.

履歴

登録	2009年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i2h.cif.gz	154.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i2h.ent.gz	120.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/3i2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/3i2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i2fC 3i2gC 3i2iC 3i2jC 3i2kC 1ju3S 1ju4 1l7q 1l7r S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i2j-1 3i2k-1 3pui-1 3i2i-1 3i2g-1 4p08-1 2q8i-1 3i2f-1 1y8p-1 5mdn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cocaine esterase

ヘテロ分子

64.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cocaine esterase

ヘテロ分子

A: Cocaine esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.438, 105.438, 222.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Cocaine esterase 分子量: 63726.117 Da / 分子数: 1 / 変異: L169K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア) 株: MB1 / 遺伝子: Cocaine Esterase, cocE / プラスミド: pET 22b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Gold (DE3) 参照: UniProt: Q9L9D7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Cocaine esterase

分子量: 63726.117 Da / 分子数: 1 / 変異: L169K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア)
株: MB1 / 遺伝子: Cocaine Esterase, cocE / プラスミド: pET 22b (+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Gold (DE3)
参照: UniProt: Q9L9D7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 793分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-DBC / (4S,5S)-4,5-BIS(MERCAPTOMETHYL)-1,3-DIOXOLAN-2-OL 分子量: 182.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₃S₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10mM Tris pH 7.5, 25 mM NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å

検出器

日付: 2006年12月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 88021 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 23

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.71	21.9	0.643	8610	0.839	1	99.6
1.71-1.78	22	0.473	8624	0.859	1	99.7
1.78-1.86	22	0.328	8677	0.895	1	99.8
1.86-1.96	22	0.233	8699	0.99	1	99.9
1.96-2.08	22	0.174	8698	1.14	1	99.9
2.08-2.24	22.1	0.129	8759	1.155	1	100
2.24-2.46	22.1	0.101	8787	1.073	1	100
2.46-2.82	22	0.093	8861	1.403	1	100
2.82-3.55	21.8	0.072	8950	1.642	1	100
3.55-50	20.9	0.059	9415	1.59	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法: Difference fourier
開始モデル: PDB: 1JU3

1ju3

解像度: 1.65→19.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / SU B: 1.107 / SU ML: 0.039 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.146	4409	5 %	RANDOM
R_work	0.15503	-	-	-
obs	0.15503	87941	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.608 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	-0.15 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4384	0	53	778	5215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	5079
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.117	1.962	6983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.018	5	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.276	23.656	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.368	15	769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.921	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.161	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.461	1.5	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.782	2	5224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.212	3	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.945	4.5	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.178	6321	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	99.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.808 Å / Origin y: 64.846 Å / Origin z: -0.254 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0269 Å²	0.0084 Å²	0.0137 Å²	-	-0.0602 Å²	0.0097 Å²	-	-	0.0009 Å²
L	0.3592 °²	0.0872 °²	0.1275 °²	-	0.3004 °²	0.0264 °²	-	-	0.391 °²
S	0.0146 Å °	-0.0265 Å °	0.0013 Å °	0.0356 Å °	-0.0021 Å °	0.0327 Å °	0.0415 Å °	-0.0086 Å °	-0.0124 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 575
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	588 - 597
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	598 - 601

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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