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万見
- PDB-3i1d: Distinct recognition of three-way DNA junctions by the two enanti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i1d
タイトルDistinct recognition of three-way DNA junctions by the two enantiomers of a metallo-supramolecular cylinder ('helicate')
要素5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / Drug-DNA complex / 3-way junction / DNA structure recognition
機能・相同性: / Chem-NPM / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Boer, D.R. / Uson, I. / Hannon, M.J. / Coll, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Self-Assembly of Functionalizable Two-Component 3D DNA Arrays through the Induced Formation of DNA Three-Way-Junction Branch Points by Supramolecular Cylinders.
著者: Boer, D.R. / Kerckhoffs, J.M. / Parajo, Y. / Pascu, M. / Uson, I. / Lincoln, P. / Hannon, M.J. / Coll, M.
履歴
登録2009年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,34217
ポリマ－3,6182
非ポリマー3,72315
水905
1
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,31821
ポリマ－5,4283
非ポリマー3,89118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
2
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,70630
ポリマ－5,4283
非ポリマー7,27927
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
3
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,89548
ポリマ－10,8556
非ポリマー10,04042
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation18_654-x+7/4,z+1/4,y-1/41
crystal symmetry operation21_645z+5/4,y-1/4,-x+3/41
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.970, 74.970, 74.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
詳細1 - First cylinder-bound 3-way junction with continuous DNA strands around NPM ligands of chain I, symops on chain A: Rot = [-Z+1/2, -X, Y+1/2], Trans = [0 0 -1] Rot = [-Y, Z+1/2, -X+1/2], Trans = [1 0 -1] / 2 - Second cylinder-bound 3-way junction with continuous DNA strands around NPM ligands of chain K, symops on chain B: Rot = [Y+1/2, -Z+1/2, -X], Trans = [0 0 0] Rot = [-Z, X+1/2, -Y+1/2], Trans = [1 0 0] / 3 - Cylinder-bound 3-way junction with discontinuous DNA strands around NPM ligands of chain J, symops on : chain A Rot = [-Z+1/2, -X, Y+1/2], Trans = [0 0 -1] Rot = [Z+1/4, Y+3/4, -X+3/4], Trans = [1 -1 -1] Rot = [-X+3/4, Z+1/4, Y+3/4], Trans = [0 0 -1] chain B Rot = [-Z, X+1/2, -Y+1/2], Trans = [1 0 0]

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by Biomer (Ulm, Germany)
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-NPM / N-[(1E)-PYRIDIN-2-YLMETHYLENE]-N-[4-(4-{[(1E)-PYRIDIN-2-YLMETHYLENE]AMINO}BENZYL)PHENYL]AMINE / 1,1-BIS(N-(4-PHENYL)-2-PYRIDYLCARBOXALDIMINE)METHANE / 4,4′-メチレンビス[N-(2-ピリジルメチレン)アニリン]


分子量: 376.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細AUTHORS STATE THAT THE EXTENSIVE DISORDER OF THE DNA-BOUND CYLINDER MOLECULES AROUND SYMMETRY- ...AUTHORS STATE THAT THE EXTENSIVE DISORDER OF THE DNA-BOUND CYLINDER MOLECULES AROUND SYMMETRY-RELATED SITES IS REAL SINCE IT ALSO OCCURS WHEN THE STRUCTURE IS REFINED IN LOWER-SYMMETRY SPACE GROUPS (E.G. P1) AGAINST APPROPRIATELY MERGED DATA, THAT THEREFORE THE DEPOSITED SPACE GROUP IS CORRECT AND THAT THE CURRENT MODEL IS THE CORRECT WAY TO DESCRIBE THE STRUCTURE.
非ポリマーの詳細THERE ARE THREE LIGAND CLUSTERS OF NPM IN THE STRUCTURE, EACH HAVING WITH PSEUDO-3-FOLD SYMMETRY ...THERE ARE THREE LIGAND CLUSTERS OF NPM IN THE STRUCTURE, EACH HAVING WITH PSEUDO-3-FOLD SYMMETRY AND CONSISTING OF THREE NPM COMPOUNDS COORDINATED BY TWO FE(2+) IONS. GROUP 1 INCLUDES RESIDUES A101, A102, A203, A204, A205; GROUP 2 B7, B8, B9, B10, B102; AND GROUP 3 A7, B102, B203, B204, B205. ALTHOUGH ALL GROUPS CONSIST OF FE(2+) IONS AND THE SAME CHEMICAL COMPONENT NPM, THE OVERALL TOPOLOGY OF THE THREE GROUPS ARE DIFFERENT, WITH GROUP 1 AND 2 AS ONE TYPE (THE M HELICAL ENANTIOMER), AND GROUP 3 AS THE OTHER (THE P HELICAL ENANTIOMER)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mM Magnesium acetate, 50 mM Sodium cacodylate, 1.3 M Lithium sulfate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Magnesium acetate11
2Sodium cacodylate11
3Lithium sulfate11
4Magnesium acetate12
5Sodium cacodylate12
6Lithium sulfate12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9763
シンクロトロンESRF BM1621.739
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2005年3月5日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2003年5月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single Silicon (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
21.7391
反射解像度: 2.5→18.182 Å / Num. all: 2766 / Num. obs: 2766 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.5.0066精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→18.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 14.398 / SU ML: 0.311 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.584 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25918 127 4.6 %RANDOM
Rwork0.24482 ---
obs0.24546 2629 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→18.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 267 5 512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0833779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1313592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.534.5779
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 9 -
Rwork0.508 170 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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