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- PDB-3i0w: Crystal structure of Clostridium acetobutylicum 8-oxoguanine glyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i0w
タイトルCrystal structure of Clostridium acetobutylicum 8-oxoguanine glycosylase/lyase in complex with dsDNA containing cytosine opposite to 8-oxoG
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*A)-3'
  • 8-oxoguanine-DNA-glycosylase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / LYASE/DNA / OGG / CacOgg / DNA (デオキシリボ核酸) / 8-oxoG / 8oxoG / glycosylase / cytosine (シトシン) / LYASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / 塩基除去修復 / damaged DNA binding
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #260 / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III ...TATA-Binding Protein - #260 / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNAグリコシラーゼ / Endonuclease III; domain 1 / TATA結合タンパク質 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Faucher, F. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Dna Repair / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the lack of opposite base specificity of Clostridium acetobutylicum 8-oxoguanine DNA glycosylase.
著者: Faucher, F. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2009年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8-oxoguanine-DNA-glycosylase
B: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2139
ポリマ－41,8793
非ポリマー3336
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.400, 92.400, 191.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 8-oxoguanine-DNA-glycosylase


分子量: 34224.180 Da / 分子数: 1 / 変異: K222Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
遺伝子: CAC2707, CA_C2707 / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566(fpg-)
参照: UniProt: Q97FM4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'


分子量: 3927.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally.
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*A)-3'


分子量: 3727.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally.

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非ポリマー , 3種, 325分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG-4000 16%, 0.1M NaAcetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR345 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→19.9 Å / Num. all: 51091 / Num. obs: 48375 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 1.73→1.8 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 79.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.93 Å19.9 Å
Translation1.93 Å19.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F0Z

3f0z


解像度: 1.73→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Data cutoff high absF: 3197403.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2444 5.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 48375 95 %-
all-51091 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.0891 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----1.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2454 508 21 319 3302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.872.5
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 334 4.9 %
Rwork0.276 6537 -
obs--82.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramdna-rna_fred.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_fred.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ligands.paramligands.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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