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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hys | ||||||
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タイトル | Structure of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis complexed with Malonic Acid | ||||||
![]() | protein Rv0554, putative Bromoperoxidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Oxidoreductase / Peroxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johnston, J.M. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional analysis of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis: testing a putative role in menaquinone biosynthesis. 著者: Johnston, J.M. / Jiang, M. / Guo, Z. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 232.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32254.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: bpoC, MT0580, Rv0554 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O06420, UniProt: P9WNH1*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 400分子 ![](data/chem/img/MLA.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.92 詳細: 95% (0.1M NaAcetate pH 4.92, 2% MPD, 15% Ethylene glycol) and 5% Malonic acid 1.65M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 31386 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 35.603 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 3083 / Χ2: 0.935 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.41 Å2 / Biso mean: 27.222 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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