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- PDB-3hys: Structure of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hys
タイトルStructure of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis complexed with Malonic Acid
要素protein Rv0554, putative Bromoperoxidase
キーワードHYDROLASE / Oxidoreductase / Peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


bromide peroxidase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase family / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / Putative non-heme bromoperoxidase BpoC / Putative non-heme bromoperoxidase BpoC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Johnston, J.M. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structural and functional analysis of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis: testing a putative role in menaquinone biosynthesis.
著者: Johnston, J.M. / Jiang, M. / Guo, Z. / Baker, E.N.
履歴
登録2009年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein Rv0554, putative Bromoperoxidase
B: protein Rv0554, putative Bromoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,32014
ポリマ－64,5092
非ポリマー81112
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.435, 100.435, 135.064
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 protein Rv0554, putative Bromoperoxidase / POSSIBLE PEROXIDASE BPOC (NON-HAEM PEROXIDASE)


分子量: 32254.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: bpoC, MT0580, Rv0554 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O06420, UniProt: P9WNH1*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

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非ポリマー , 5種, 400分子

#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.92
詳細: 95% (0.1M NaAcetate pH 4.92, 2% MPD, 15% Ethylene glycol) and 5% Malonic acid 1.65M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 31386 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 35.603
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 3083 / Χ2: 0.935 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.43 Å48.94 Å
Translation2.43 Å48.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.155 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.868 / SU R Cruickshank DPI: 0.245 / SU Rfree: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1579 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.169 31347 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.41 Å2 / Biso mean: 27.222 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 52 388 4540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.941.9635785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7075540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70523.179195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17715633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6781538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.121.52683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95124307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37931572
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0524.51475
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 105 -
Rwork0.184 2158 -
all-2263 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.94540.8072-0.18460.7216-0.30310.37-0.05870.1241-0.2597-0.13150.0287-0.06130.1856-0.03510.03010.09190.00950.00170.0746-0.01310.0646-0.3771-48.1864-11.8476
20.8770.0865-0.20451.40150.29781.10040.0007-0.01210.0108-0.0080.00660.0629-0.0358-0.0703-0.00720.0357-0.01260.01280.04190.00160.0316-9.0478-41.5078-7.1605
30.85390.7522-0.9970.8854-1.08031.3474-0.02280.0605-0.0095-0.05970.01360.06110.0679-0.05630.00920.08740.0116-0.00770.0825-0.01340.0916-11.4835-34.2247-26.0976
41.1984-0.0763-0.37830.8367-0.18741.38070.0025-0.09010.01180.0901-0.0021-0.0344-0.030.0469-0.00050.0831-0.0057-0.00670.0559-0.00990.0854-2.7473-29.0427-6.3596
55.11250.38350.21946.0666-0.45750.2956-0.0213-0.40370.28460.5133-0.10660.21860.065-0.15360.12790.14160.0022-0.00220.15520.02370.1714.4443-46.98316.6995
60.72220.24290.1070.87320.02420.57780.0209-0.1471-0.05730.1745-0.015-0.00940.0527-0.0142-0.00580.09090.00710.00390.09910.00230.088726.5092-45.55664.4353
70.86260.0490.43560.82120.07582.34250.0070.0856-0.0582-0.092-0.03850.07240.0224-0.11380.03140.0916-0.01020.00460.09640.01290.124228.1724-26.8869-9.023
80.3122-0.0454-0.22610.86630.34730.35150.0008-0.02260.02130.03480.0095-0.1272-0.01470.0882-0.01030.0859-0.0060.00170.09780.00590.088935.2823-43.1363-1.0628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-13 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3A128 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4A188 - 261
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6B9 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7B123 - 169
8X-RAY DIFFRACTION8B170 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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