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万見
- PDB-3hyq: Crystal Structure of Isopentenyl-Diphosphate delta-Isomerase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyq
タイトルCrystal Structure of Isopentenyl-Diphosphate delta-Isomerase from Salmonella entericase
要素Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
キーワードISOMERASE / alpha-beta structure / Isoprene biosynthesis / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1 / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.525 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Isopentenyl-Diphosphate delta-Isomerase from Salmonella entericase
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2621
ポリマ－21,2621
非ポリマー00
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase

A: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5252
ポリマ－42,5252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.443, 64.152, 35.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-332-

HOH

21A-408-

HOH

詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / IPP isomerase / Isopentenyl pyrophosphate isomerase / IPP:DMAPP isomerase


分子量: 21262.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: idi / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q8ZM82, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.4 M ammonium dihydrogen phosphate, chymotripsyn (1:100), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. all: 26450 / Num. obs: 26450 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.74 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1015 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX1.4_58精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.525→25.005 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 1329 5.03 %RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.164 26437 --
obs0.164 26437 97.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.683 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.775 Å2-0 Å21.2287 Å2
2---4.3546 Å2-0 Å2
3---1.5796 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.525→25.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 0 227 1455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.83
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.5249-1.58590.25411250.22752295242082
1.5859-1.65810.22461390.20032827296699
1.6581-1.74550.19971490.17228352984100
1.7455-1.85480.1961410.168128863027100
1.8548-1.9980.20651470.165428322979100
1.998-2.19890.21151560.159628493005100
2.1989-2.51690.17851500.161628633013100
2.5169-3.170.16551530.151628683021100
3.17-25.00860.17851690.15452853302299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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