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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hyo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pyridoxal kinase from Lactobacillus plantarum in complex with ADP | ||||||
![]() | Pyridoxal kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Pyridoxal kinase / ADP / PSI-II / 11208c / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bagaria, A. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of pyridoxal kinase from Lactobacillus plantarum in complex with ADP 著者: Bagaria, A. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3h74S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30412.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: WCFS1 / 遺伝子: pdx, lp_0863 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q88YB5, UniProt: F9UM74*PLUS, pyridoxal kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH 6.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111)channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→24.06 Å / Num. all: 26063 / Num. obs: 24694 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.849→1.897 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 2540 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3H74 解像度: 1.85→24.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.679 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.158 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20
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