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- PDB-3hyi: Crystal structure of full-length DUF199/WhiA from Thermatoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyi
タイトルCrystal structure of full-length DUF199/WhiA from Thermatoga maritima
要素Protein DUF199/WhiA
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / LAGLIDADG / homing endonuclease / helix-turn-helix / HTH
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation / cell cycle / cell division / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Sporulation regulator WhiA / Sporulation transcription regulator WhiA, N-terminal domain / Sporulation regulator WhiA, C-terminal / WhiA, LAGLIDADG-like domain / WhiA C-terminal HTH domain / WhiA N-terminal LAGLIDADG-like domain / WhiA LAGLIDADG-like domain / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease ...Sporulation regulator WhiA / Sporulation transcription regulator WhiA, N-terminal domain / Sporulation regulator WhiA, C-terminal / WhiA, LAGLIDADG-like domain / WhiA C-terminal HTH domain / WhiA N-terminal LAGLIDADG-like domain / WhiA LAGLIDADG-like domain / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable cell division protein WhiA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Kaiser, B.K. / Clifton, M.C. / Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: The structure of a bacterial DUF199/WhiA protein: domestication of an invasive endonuclease
著者: Kaiser, B.K. / Clifton, M.C. / Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DUF199/WhiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5084
ポリマ－34,3011
非ポリマー2073
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.648, 61.303, 97.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein DUF199/WhiA


分子量: 34301.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: no affinity purification tag
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1708, TM_1708 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9X234
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M NaCl, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: R-AXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. all: 13590 / Num. obs: 13400 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1294 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-terminal "LAGLIDADG" domain of T. maritima DUF199/WhiA

解像度: 2.34→35.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.218 / SU ML: 0.213 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27608 666 5 %RANDOM
Rwork0.22775 ---
obs0.23014 12702 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→35.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2175 0 13 62 2250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0222234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8681.9753018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76733687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9335288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63823.84691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76715397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3231514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.21464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1921.51420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0251.5577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.35822284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4663821
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7964.5731
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.341→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 63 -
Rwork0.26 883 -
obs--98.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0153-0.0737-0.48273.5815-0.12333.15870.1229-0.19670.23660.0379-0.0003-0.1975-0.23760.2061-0.12260.0723-0.02260.01460.0389-0.03250.0186-0.47122.622-4.1095
26.6713-3.5353-0.73165.85651.17015.8363-0.2201-0.446-0.30860.25790.2382-0.19820.34730.3789-0.01820.07490.0207-0.0403-0.00370.05210.14952.7997-15.2265-2.7482
318.3655-13.1408-3.855814.12593.89485.06930.25910.26730.6521-0.0436-0.1477-0.1924-0.5133-0.263-0.11140.1513-0.0420.02460.05380.03320.101510.8533-51.5733-19.1305
41.71992.03651.202210.2866.19687.1428-0.1369-0.08280.0868-0.0897-0.04360.1906-0.03310.05680.18050.04670.0614-0.02220.08460.0241-0.000633.2314-64.1376-23.0215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2A126 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3A200 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4A227 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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