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- PDB-3hyd: LVEALYL peptide derived from human insulin chain B, residues 11-17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyd
タイトルLVEALYL peptide derived from human insulin chain B, residues 11-17
要素Insulin
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril / Carbohydrate metabolism / Cleavage on pair of basic residues / Diabetes mellitus / Disease mutation / Disulfide bond / Glucose metabolism / Hormone / Pharmaceutical / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / negative regulation of lipid catabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / acute-phase response / Regulation of insulin secretion / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / positive regulation of cell differentiation / regulation of transmembrane transporter activity / insulin-like growth factor receptor binding / wound healing / insulin receptor binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Ivanova, M.I. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Molecular basis for insulin fibril assembly.
著者: Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Wall, J.S. / Eisenberg, D.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8201
ポリマ－8201
非ポリマー00
水543
1
A: Insulin

A: Insulin

A: Insulin

A: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2804
ポリマ－3,2804
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation4_566-x+1/2,y+3/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)49.478, 4.838, 19.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A INDEFINITELY LONG PAIR OF SHEETS (A PROTOFIBRIL). ONE SHEET FORMED BY CHAIN A AND CRYSTALLOGRAPHIC TRANSLATIONS ALONG THE B CELL DIMENSION (E.G. X,Y,Z AND X,Y+1,Z). THE SECOND SHEET IS CONSTRUCTED FROM 1/2-X,1/2+Y,1-Z AND CRYSTALLOGRAPHIC TRANSLATIONS ALONG THE B CELL DIMENSION (E.G. 1/2-X,3/2+Y,1-Z).

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin / Insulin B chain


分子量: 819.985 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-41 of chain B / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P01308
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% MPD, 0.1M sodium citrate pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA10.97645
シンクロトロンSLS X10SA20.97645
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年11月19日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2006年11月19日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97645 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→90 Å / Num. all: 2647 / Num. obs: 2647 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 6.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 7.152
反射 シェル解像度: 1→1.08 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique all: 433 / Χ2: 1.042 / % possible all: 84.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.6 Å19.33 Å
Translation1.6 Å19.33 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: an idealized beta strand

解像度: 1→16.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.196 / WRfactor Rwork: 0.158 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.878 / SU B: 0.849 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.03 / SU Rfree: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 248 9.4 %RANDOM
Rwork0.146 ---
all0.149 ---
obs0.149 2644 95.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 29.45 Å2 / Biso mean: 6.558 Å2 / Biso min: 2.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-0.28 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→16.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数133 0 0 3 136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.792.12290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8513158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.47158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.5726.6673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.0591512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.258238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.821217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.043361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.713227
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.334328
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.4693134
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.40733
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.7083133
LS精密化 シェル解像度: 1→1.118 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 68 -
Rwork0.232 583 -
all-651 -
obs--88.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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