PDB-3hwr: Crystal structure of PanE/ApbA family ketopantoate reductase (YP_...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hwr

タイトル

Crystal structure of PanE/ApbA family ketopantoate reductase (YP_299159.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 2.15 A resolution

要素

2-dehydropantoate 2-reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / YP_299159.1 / PanE/ApbA family ketopantoate reductase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / NADP / Pantothenate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia eutropha (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of PanE/ApbA family ketopantoate reductase (YP_299159.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hwr.cif.gz	132.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hwr.ent.gz	106.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/3hwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/3hwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ayv-d 5hws-1 5hws-2 4yca-d 3o32-d 2boy-4 6do1-2 3wfj-2 3wfj-1 1c1x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 376637

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-dehydropantoate 2-reductase

B: 2-dehydropantoate 2-reductase

ヘテロ分子

70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.210, 116.210, 95.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 298
2	1	1	5	B	1 - 298

#1: タンパク質	2-dehydropantoate 2-reductase / PanE/ApbA family ketopantoate reductase 分子量: 34405.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: JMP134 / 遺伝子: Reut_B4967, YP_299159.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q46RB9, 2-dehydropantoate 2-reductase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY THE TARGET ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. DNA SEQUENCING OF THE CLONED CONSTRUCT SHOWS AN ARGININE AT POSITION 244 INSTEAD OF A GLYCINE. THE ARGININE AT POSITION 244 IS SUPPORTED BY THE ELECTRON DENSITY. THE AUTHORS DO NOT KNOW IF THIS GLY TO ARG DIFFERENCE IS DUE TO AN ERROR IN THE DB SEQUENCE, A MUTATION IN THE GENOMIC DNA (SAME SOURCE STRAIN AS USED FOR GENOME SEQUENCING) OR A MUTATION INTRODUCED BY PCR.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	2.71	54.58	THE STRUCTURE WAS SOLVED BY 3-WAVELENGTH MAD METHOD USING 2.4 A DATA FROM ANOTHER CRYSTAL. THESE PHASES WERE USED AS RESTRAINTS IN THE CURRENT REFINEMENT.
2

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.71
詳細: 26.2000% polyethylene glycol 6000, 0.1M Bicine pH 8.71, Additive: 0.001 M dihydro-nicotinamide-adenine-dinucleotide phosphate (NADPH), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	1	0.91837
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	0.97927,0.91162,0.97912

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2009年1月28日	Flat mirror, vertical and horizontal focussing mirrors
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD	2009年1月9日	Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Double crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97927	1
3	0.91162	1
4	0.97912	1

反射

解像度: 2.15→29.761 Å / Num. obs: 39885 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.533 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 4.124

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.15-2.21	3.8	0.719	1	10975	2923	0.719	100
2.21-2.27	3.7	0.709	0.4	10482	2842	0.709	100
2.27-2.33	3.7	0.532	1.1	10547	2814	0.532	100
2.33-2.4	3.8	0.427	1.7	10124	2691	0.427	100
2.4-2.48	3.8	0.373	1.9	9907	2630	0.373	100
2.48-2.57	3.8	0.306	2.3	9583	2541	0.306	100
2.57-2.67	3.8	0.247	2.5	9283	2469	0.247	100
2.67-2.78	3.8	0.222	1.7	8896	2371	0.222	100
2.78-2.9	3.8	0.166	4.1	8585	2277	0.166	100
2.9-3.04	3.8	0.137	5.1	8064	2139	0.137	100
3.04-3.21	3.8	0.118	5.9	7805	2078	0.118	100
3.21-3.4	3.8	0.101	6.2	7292	1942	0.101	100
3.4-3.63	3.7	0.091	4.3	6853	1843	0.091	100
3.63-3.93	3.7	0.081	5.4	6376	1714	0.081	100
3.93-4.3	3.7	0.065	9.5	5977	1595	0.065	100
4.3-4.81	3.8	0.061	10	5314	1417	0.061	100
4.81-5.55	3.7	0.065	9.5	4736	1270	0.065	100
5.55-6.8	3.7	0.073	8.2	3939	1070	0.073	100
6.8-9.62	3.7	0.064	9.1	3040	832	0.064	99.1
9.62-29.76	3.4	0.059	10	1452	427	0.059	91.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.15→29.761 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.62 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.177
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	2003	5 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.186	39845	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.48 Å² / B_iso mean: 49.293 Å² / B_iso min: 21.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4 Å²	-0.7 Å²	0 Å²
2-	-	-1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4361	0	134	213	4708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.781	2.001	6448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.285	3	7606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.328	5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.557	23.222	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.184	15	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.898	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.3	935
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.3	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.5	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.5	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.252	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.3	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.279	0.3	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.918	3	3357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.487	3	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.689	5	4851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.117	8	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.855	11	1574

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1754	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
1856	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
1754	MEDIUM THERMAL	0.71	2
1856	LOOSE THERMAL	1.7	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	140	-
R_work	0.265	2782	-
all	-	2922	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8539	0.1231	0.3116	1.6132	-0.6154	1.4036	0.1973	-0.2997	-0.6602	0.1215	0.0862	0.002	0.4236	0.0012	-0.2835	-0.0832	0.0078	-0.1563	-0.2188	0.0767	0.0277	67.287	63.139	-14.482
2	1.8163	0.783	0.1079	2.1317	0.4672	0.3461	-0.0266	0.4103	-0.2504	-0.4151	0.2414	-0.6069	-0.0989	0.3163	-0.2147	-0.1736	-0.0364	0.1299	0.0093	-0.1567	-0.0284	94.96	88.314	-40.751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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