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- PDB-3hw2: Crystal structure of the SifA-SKIP(PH) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hw2
タイトルCrystal structure of the SifA-SKIP(PH) complex
要素
  • Pleckstrin homology domain-containing family M member 2
  • Protein sifA
キーワードSIGNALING PROTEIN / sifa / protein complex / salmonella infection / late effector / Virulence / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host Rab small GTPase signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host small GTPase-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host microtubule cytoskeleton / lysosome localization / natural killer cell mediated cytotoxicity / Golgi organization / kinesin binding / regulation of protein localization / host cell cytoplasm / endosome membrane ...symbiont-mediated perturbation of host Rab small GTPase signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host small GTPase-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host microtubule cytoskeleton / lysosome localization / natural killer cell mediated cytotoxicity / Golgi organization / kinesin binding / regulation of protein localization / host cell cytoplasm / endosome membrane / lysosomal membrane / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Secreted effector protein SifA helical domain / Secreted effector protein SifA fold / Secreted effector protein SifA / Salmonella typhimurium protein / Sif / Secreted effector protein SifA, C-terminal domain superfamily / Sif protein / : / : / PLEKHM2 PH domain-like ...Secreted effector protein SifA helical domain / Secreted effector protein SifA fold / Secreted effector protein SifA / Salmonella typhimurium protein / Sif / Secreted effector protein SifA, C-terminal domain superfamily / Sif protein / : / : / PLEKHM2 PH domain-like / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Enolase-like; domain 1 / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted effector protein SifA / Pleckstrin homology domain-containing family M member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Diacovich, L. / Dumont, A. / Lafitte, D. / Soprano, E. / Guilhon, A.-A. / Bignon, C. / Gorvel, J.-P. / Bourne, Y. / Meresse, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Interaction between the SifA virulence factor and its host target skip is essential for salmonella pathogenesis
著者: Diacovich, L. / Dumont, A. / Lafitte, D. / Soprano, E. / Guilhon, A.-A. / Bignon, C. / Gorvel, J.-P. / Bourne, Y. / Meresse, S.
履歴
登録2009年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Derived calculations
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein sifA
B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2812
ポリマ－50,2812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.799, 110.866, 44.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Protein sifA


分子量: 38546.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q56061
#2: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family M member 2 / SifA and kinesin-interacting protein / Salmonella-induced filaments A and kinesin-interacting protein


分子量: 11734.374 Da / 分子数: 1
Fragment: Pleskrin homology (PH) domain, UNP residues 771-876
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IWE5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M Na acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 7176 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 31607
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CXB

3cxb


解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 96.209 / SU ML: 0.694 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.76 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30925 697 9.8 %RANDOM
Rwork0.24035 ---
obs0.2473 6424 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.27 Å20 Å20 Å2
2---4.83 Å2-0 Å2
3---11.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3297 0 0 0 3297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.9554561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5015411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.08124.494158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.99315613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8081520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.384 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 74 -
Rwork0.305 442 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8029-0.92980.62827.76732.31715.06120.21160.23831.1054-0.2525-0.0294-0.1389-0.21460.3911-0.18220.04570.03490.05820.12950.0370.2054-2.054230.7886-8.0223
26.81271.354-2.92642.3589-1.10683.3025-0.00380.9923-0.1682-0.76680.24021.04140.32840.0003-0.23640.36610.0374-0.38420.301-0.02990.5627-21.935513.696-17.2564
310.406-1.32260.74039.07481.05635.33170.0985-0.5933-0.08650.6981-0.0185-1.13780.1205-0.5837-0.080.1693-0.0226-0.10050.12680.01680.151813.891413.79612.2819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2A137 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3B772 - 876

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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