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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hvz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the TGS domain of the CLOLEP_03100 protein from Clostridium leptum, Northeast Structural Genomics Consortium Target QlR13A | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown function / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium leptum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target QlR13A 著者: Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hvz.cif.gz | 83.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hvz.ent.gz | 66.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hvz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8735.718 Da / 分子数: 6 / 断片: TGS domain residues 392-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clostridium leptum (バクテリア) / 株: DSM 753 / 遺伝子: CLOLEP_03100 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: A7VWX7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: 100mM HEPES (pH 7.5) and 500mM magnesium Formate dihydrate, microbatch, under oil, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 63196 / Num. obs: 62970 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 6275 / Rsym value: 0.392 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 234070.531 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.875 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
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