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- PDB-3hvx: Escherichia coli Thiol peroxidase (Tpx) resolving cysteine to ser... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hvx
タイトルEscherichia coli Thiol peroxidase (Tpx) resolving cysteine to serine mutant (C95S) with an intermolecular disulfide bond
要素Thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Tpx / peroxiredoxin / peroxidase / Antioxidant
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroperoxide reductase activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / periplasmic space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Hall, A. / Sankaran, B. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural changes common to catalysis in the Tpx peroxiredoxin subfamily.
著者: Hall, A. / Sankaran, B. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
履歴
登録2009年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol peroxidase
B: Thiol peroxidase
C: Thiol peroxidase
D: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,13015
ポリマ－70,7404
非ポリマー39011
水12,430690
1
C: Thiol peroxidase
ヘテロ分子

A: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5477
ポリマ－35,3702
非ポリマー1775
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2210 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
2
B: Thiol peroxidase
ヘテロ分子

D: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5828
ポリマ－35,3702
非ポリマー2136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area2350 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.719, 123.362, 61.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thiol peroxidase / Scavengase P20


分子量: 17684.889 Da / 分子数: 4 / 変異: C82S, C95S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: See Baker and Poole, 2003. / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 (XL-1 Blue) / 遺伝子: b1324, JW1317, tpx, yzzJ / プラスミド: pPROK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 Blue / 参照: UniProt: P0A862, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% (w/v) PEG 8000, 0.1 M Tris, 0.2 M magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月21日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→62 Å / Num. obs: 32466 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2229 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREPv9.2位相決定
REFMAC5.5.0046精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3HVV

3hvv


解像度: 2.12→61.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 12.341 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24784 3598 10 %RANDOM
Rwork0.16226 ---
obs0.1707 32466 96.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.428 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20.4 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→61.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4988 0 11 690 5689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0225062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.9566900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8993.0017948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9855664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.66525.741216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.20215804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5571520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0215732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.46323324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.26821348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.50535364
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.17621738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.53831536
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 236 -
Rwork0.179 2229 -
obs--90.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.576-1.3183-0.59242.20610.14331.9891-0.0778-0.2467-0.2237-0.040.10880.06190.15560.0209-0.0310.01620.0027-0.00270.02530.00930.032210.556-0.2520.623
22.38270.19070.43231.70650.98792.3-0.0346-0.00480.2551-0.166-0.04730.1518-0.1886-0.01180.08190.0492-0.01610.00770.02410.00160.111-7.819-29.1218.472
32.27060.0554-0.30651.80351.033.16440.0234-0.1147-0.12590.14880.02810.13270.0860.0333-0.05150.01320.00410.01210.01760.01350.04873.46212.789-41.146
41.88580.88230.19332.73080.58442.4946-0.12490.13660.14650.07650.09210.1027-0.1805-0.00810.03270.04310.00250.00710.02060.01430.047717.038-16.126-26.051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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