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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3huu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of transcription regulator like protein from Staphylococcus haemolyticus | ||||||
![]() | Transcription regulator like protein | ||||||
![]() | Transcription regulator / PSI-II / NYSGXRC / 11235m / Lac I / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | Periplasmic binding protein-like domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of transcription regulator like protein from Staphylococcus haemolyticus 著者: Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 173.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 477.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34704.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: JCSC1435 / 遺伝子: SH1407 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8K, 8% Ethylene Glycol, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 82791 / Num. obs: 82791 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4504 / % possible all: 96.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: None 解像度: 1.95→43.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 103598.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The missing residues and missing atoms are due to weak or no electron density.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.5588 Å2 / ksol: 0.351416 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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