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- PDB-3hty: Crystal structure of a lipocalin-like protein (BT_0869) from Bact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hty
タイトルCrystal structure of a lipocalin-like protein (BT_0869) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.95 A resolution
要素hypothetical protein BT_0869
キーワードstructural genomics / unknown function / NP_809782.1 / hypothetical protein BT_0869 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Lipocalin-like / Lipocalin - #280 / Lipocalin-like domain / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta / Lipocalin-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein BT_0869 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (NP_809782.1) at 1.95 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein BT_0869
B: hypothetical protein BT_0869
C: hypothetical protein BT_0869
D: hypothetical protein BT_0869
E: hypothetical protein BT_0869
F: hypothetical protein BT_0869
G: hypothetical protein BT_0869
H: hypothetical protein BT_0869
I: hypothetical protein BT_0869
J: hypothetical protein BT_0869
K: hypothetical protein BT_0869
L: hypothetical protein BT_0869
M: hypothetical protein BT_0869
N: hypothetical protein BT_0869
O: hypothetical protein BT_0869
P: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,72775
ポリマ－165,21816
非ポリマー5,50959
水26,2661458
1
A: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5103
ポリマ－10,3261
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6024
ポリマ－10,3261
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7916
ポリマ－10,3261
非ポリマー4645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5143
ポリマ－10,3261
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5103
ポリマ－10,3261
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9798
ポリマ－10,3261
非ポリマー6537
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5143
ポリマ－10,3261
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7956
ポリマ－10,3261
非ポリマー4685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7025
ポリマ－10,3261
非ポリマー3764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7916
ポリマ－10,3261
非ポリマー4645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7986
ポリマ－10,3261
非ポリマー4725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6064
ポリマ－10,3261
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5103
ポリマ－10,3261
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7956
ポリマ－10,3261
非ポリマー4685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7956
ポリマ－10,3261
非ポリマー4685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: hypothetical protein BT_0869
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5143
ポリマ－10,3261
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.510, 125.510, 181.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 33
2114B1 - 33
3114C1 - 33
4114D1 - 33
5114E1 - 33
6114F1 - 33
7114G1 - 33
8114H1 - 33
9114I1 - 33
10114J1 - 33
11114K1 - 33
12114L1 - 33
13114M1 - 33
14114N1 - 33
15114O1 - 33
16114P1 - 33
1216A34 - 39
2216B34 - 39
3216C34 - 39
4216D34 - 39
5216E34 - 39
6216F34 - 39
7216G34 - 39
8216H34 - 39
9216I34 - 39
10216J34 - 39
11216K34 - 39
12216L34 - 39
13216M34 - 39
14216N34 - 39
15216O34 - 39
16216P34 - 39
1314A40 - 56
2314B40 - 56
3314C40 - 56
4314D40 - 56
5314E40 - 56
6314F40 - 56
7314G40 - 56
8314H40 - 56
9314I40 - 56
10314J40 - 56
11314K40 - 56
12314L40 - 56
13314M40 - 56
14314N40 - 56
15314O40 - 56
16314P40 - 56
1416A57 - 60
2416B57 - 60
3416C57 - 60
4416D57 - 60
5416E57 - 60
6416F57 - 60
7416G57 - 60
8416H57 - 60
9416I57 - 60
10416J57 - 60
11416K57 - 60
12416L57 - 60
13416M57 - 60
14416N57 - 60
15416O57 - 60
16416P57 - 60
1514A61 - 66
2514B61 - 66
3514C61 - 66
4514D61 - 66
5514E61 - 66
6514F61 - 66
7514G61 - 66
8514H61 - 66
9514I61 - 66
10514J61 - 66
11514K61 - 66
12514L61 - 66
13514M61 - 66
14514N61 - 66
15514O61 - 66
16514P61 - 66
1616A67 - 69
2616B67 - 69
3616C67 - 69
4616D67 - 69
5616E67 - 69
6616F67 - 69
7616G67 - 69
8616H67 - 69
9616I67 - 69
10616J67 - 69
11616K67 - 69
12616L67 - 69
13616M67 - 69
14616N67 - 69
15616O67 - 69
16616P67 - 69
1714A70 - 75
2714B70 - 75
3714C70 - 75
4714D70 - 75
5714E70 - 75
6714F70 - 75
7714G70 - 75
8714H70 - 75
9714I70 - 75
10714J70 - 75
11714K70 - 75
12714L70 - 75
13714M70 - 75
14714N70 - 75
15714O70 - 75
16714P70 - 75
1816A76 - 85
2816B76 - 85
3816C76 - 85
4816D76 - 85
5816E76 - 85
6816F76 - 85
7816G76 - 85
8816H76 - 85
9816I76 - 85
10816J76 - 85
11816K76 - 85
12816L76 - 85
13816M76 - 85
14816N76 - 85
15816O76 - 85
16816P76 - 85
1914A86 - 102
2914B86 - 102
3914C86 - 102
4914D86 - 102
5914E86 - 102
6914F86 - 102
7914G86 - 102
8914H86 - 102
9914I86 - 102
10914J86 - 102
11914K86 - 102
12914L86 - 102
13914M86 - 102
14914N86 - 102
15914O86 - 102
16914P86 - 102
11016A103 - 115
21016B103 - 115
31016C103 - 115
41016D103 - 115
51016E103 - 115
61016F103 - 115
71016G103 - 115
81016H103 - 115
91016I103 - 115
101016J103 - 115
111016K103 - 115
121016L103 - 115
131016M103 - 115
141016N103 - 115
151016O103 - 115
161016P103 - 115
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical protein BT_0869


分子量: 10326.101 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_0869, NP_809782.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A9E6
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CLONED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 23-115 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6000M (NH4)2SO4, 0.1M Citrate pH 5.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645,0.97965
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.946451
20.979651
反射解像度: 1.95→29.735 Å / Num. obs: 120441 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 23.792 Å2 / Rmerge F obs: 0.17 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 8.71 / Num. measured all: 672745
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.95-2.010.7870.8912.15795610368103650.984100
2.01-2.080.5840.6272.85949710638106280.69299.9
2.08-2.170.4490.4893.56570311751117330.5499.8
2.17-2.260.3610.3984.355769995999450.43999.9
2.26-2.380.3030.3275.16208311078110740.361100
2.38-2.530.2360.2666.16192711039110270.29399.9
2.53-2.730.1720.1987.86303811223112140.21999.9
2.73-30.1140.13610.46077310833108190.1599.9
3-3.430.0670.08814.46148210997109850.09799.9
3.43-4.320.040.06218.76236211201111900.06999.9
4.32-29.7350.0390.06119.46215511561114610.06799.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.735 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 6.68 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.139
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.SULFATE (SO4) AND GLYCEROL (GOL) MOLECULES FROM CRYSTALLIZATON SOLUTIONS ARE ALSO MODELED IN THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 6044 5 %RANDOM
Rwork0.166 114337 --
obs0.168 120381 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.68 Å2 / Biso mean: 38.121 Å2 / Biso min: 15.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20.12 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11096 0 335 1458 12889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02211870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.98916039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.899319371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.49951563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91326.912421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.122152122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9361526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.31617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.38060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.55547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.56691
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.52066
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1140.56
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.351
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.3119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.5127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.1050.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.83438170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.55433211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.512512204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.64184722
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.264113835
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
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2B587MEDIUM POSITIONAL0.410.5
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15O587MEDIUM POSITIONAL0.310.5
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13M587MEDIUM THERMAL1.072
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2B210LOOSE THERMAL4.1610
3C210LOOSE THERMAL3.3310
4D210LOOSE THERMAL4.7810
5E210LOOSE THERMAL5.8710
6F210LOOSE THERMAL5.2410
7G210LOOSE THERMAL3.6810
8H210LOOSE THERMAL4.9410
9I210LOOSE THERMAL3.710
10J210LOOSE THERMAL3.9510
11K210LOOSE THERMAL4.4410
12L210LOOSE THERMAL5.8710
13M210LOOSE THERMAL5.9510
14N210LOOSE THERMAL3.0610
15O210LOOSE THERMAL4.2110
16P210LOOSE THERMAL5.2910
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 435 -
Rwork0.219 8377 -
all-8812 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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52.10550.29330.17021.7646-0.1430.08790.0332-0.11550.09160.1373-0.0762-0.0378-0.1206-0.12520.043-0.0170.0371-0.0429-0.0787-0.0133-0.093571.784146.290644.3066
62.4318-1.3996-1.33673.94541.99292.3986-0.0501-0.38030.10220.37090.2228-0.4230.08090.3415-0.1728-0.11720.0129-0.0272-0.0865-0.044-0.09170.890264.848529.8962
72.099-0.337-0.55912.22551.0841.47860.07480.07180.2133-0.0748-0.09290.1351-0.1766-0.16160.0181-0.12120.042-0.0061-0.1198-0.0228-0.126248.561569.416422.3961
82.11840.27271.07553.00790.25061.77910.00040.2688-0.0928-0.31180.00740.22630.0172-0.1131-0.0077-0.1540.0027-0.003-0.1025-0.0341-0.120834.369378.262137.8386
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142.4441-0.7061-1.4191.52611.23542.2130.02910.12520.11390.0887-0.03030.0505-0.1089-0.22760.0012-0.13470.00890.0138-0.1264-0.0144-0.14518.5025122.960419.4004
152.53610.1772-1.08741.67720.87712.1764-0.07880.3238-0.1371-0.1872-0.07850.00850.17120.04210.1573-0.09630.03520.0546-0.1219-0.0203-0.085640.7222100.29455.6478
162.59141.87341.04992.71780.98972.31760.0862-0.0186-0.20280.0642-0.0581-0.03230.4028-0.1057-0.0281-0.0931-0.03840.0489-0.121-0.0363-0.113918.517996.338310.1677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2B23 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3C23 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4D23 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5E23 - 115
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7X-RAY DIFFRACTION7G23 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8H23 - 115
9X-RAY DIFFRACTION9I23 - 114
10X-RAY DIFFRACTION10J23 - 115
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12X-RAY DIFFRACTION12L23 - 114
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14X-RAY DIFFRACTION14N23 - 115
15X-RAY DIFFRACTION15O23 - 114
16X-RAY DIFFRACTION16P23 - 114

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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