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- PDB-3ht4: Crystal Structure of the Q81A77_BACCR Protein from Bacillus cereu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ht4
タイトルCrystal Structure of the Q81A77_BACCR Protein from Bacillus cereus. Northeast Structural Genomics Consortium Target BcR213
要素Aluminum resistance protein
キーワードLYASE / putative cystathionine beat-lyase / aluminium resistance protein / Q81A77_BACCR / NESG / BcR213 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative methionine gamma-lyase / Methionine gamma-lyase / Methioning gamme-lyase, C-terminal domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aluminum resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Mao, L. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Mao, L. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Q81A77_BACCR Protein from Bacillus cereus
著者: Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Mao, L. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aluminum resistance protein
B: Aluminum resistance protein
C: Aluminum resistance protein
D: Aluminum resistance protein
E: Aluminum resistance protein
F: Aluminum resistance protein
G: Aluminum resistance protein
H: Aluminum resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,4518
ポリマ－380,4518
非ポリマー00
水2,270126
1
A: Aluminum resistance protein
B: Aluminum resistance protein
C: Aluminum resistance protein
F: Aluminum resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,2264
ポリマ－190,2264
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15880 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area55000 Å2
手法PISA
2
D: Aluminum resistance protein
H: Aluminum resistance protein

E: Aluminum resistance protein
G: Aluminum resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,2264
ポリマ－190,2264
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area15760 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area55040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.406, 144.993, 131.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Tetramer according to aggregation screening

-
要素

#1: タンパク質
Aluminum resistance protein / PUTATIVE CYSTATHIONINE BETA-LYASE


分子量: 47556.414 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
株: DSM 31 / 遺伝子: BC_3707 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+magic / 参照: UniProt: Q81A77
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch crystallization under parafin oil / pH: 6.15
詳細: 20% PEG 3350, 0.15M Malic acid, pH 6.15, Microbatch crystallization under parafin oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→500 Å / Num. all: 144584 / Num. obs: 131282 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 67.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 14504 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FD0, chain A

3fd0


解像度: 2.9→46.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 78329.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 5248 4.9 %RANDOM
Rwork0.274 ---
obs0.274 108192 75 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 12.7236 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å2-2.71 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----0.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24944 0 0 126 25070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.51
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 784 5.1 %
Rwork0.303 14444 -
obs--63.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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