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万見
- PDB-3hsr: Crystal structure of Staphylococcus aureus protein SarZ in mixed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hsr
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus protein SarZ in mixed disulfide form
要素HTH-type transcriptional regulator sarZ
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / helix-turn-helix / cysteine disulfide / MarR-family transcriptional regulator / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator SarA/Rot / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Transcriptional regulator SarA/Rot / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / benzenethiol / HTH-type transcriptional regulator SarZ / MarR family regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Poor, C.B. / Duguid, E. / Rice, P.A. / He, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of the reduced, sulfenic acid, and mixed disulfide forms of SarZ, a redox active global regulator in Staphylococcus aureus.
著者: Poor, C.B. / Chen, P.R. / Duguid, E. / Rice, P.A. / He, C.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator sarZ
B: HTH-type transcriptional regulator sarZ
C: HTH-type transcriptional regulator sarZ
D: HTH-type transcriptional regulator sarZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,67116
ポリマ－65,6444
非ポリマー1,02712
水3,405189
1
A: HTH-type transcriptional regulator sarZ
B: HTH-type transcriptional regulator sarZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3268
ポリマ－32,8222
非ポリマー5056
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area13110 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulator sarZ
D: HTH-type transcriptional regulator sarZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3448
ポリマ－32,8222
非ポリマー5236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.240, 62.840, 67.200
Angle α, β, γ (deg.)64.40, 75.81, 82.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is one of the two dimers found in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator sarZ


分子量: 16410.908 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 7-142 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Newman / 遺伝子: NWMN_2286 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6QJM6, UniProt: A0A0H3KA72*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BT6 / benzenethiol / ベンゼンチオ-ル


分子量: 110.177 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6S
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 44123 / Num. obs: 40152 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 17.541
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.88-1.951.70.29928330.985164.7
1.95-2.031.80.23334250.965176.7
2.03-2.121.80.18638361187.4
2.12-2.231.90.14641321.055193.3
2.23-2.371.90.12342551.051196.4
2.37-2.5520.09243131.022197.9
2.55-2.8120.06743131.044198.3
2.81-3.2120.04643521.071198.6
3.21-4.0520.02843701.015198.8
4.05-5020.02143231.013198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å34.91 Å
Translation2.5 Å34.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-IceGUI (SSRL)データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HRM

3hrm


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.815 / SU B: 9.274 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.204 / SU Rfree: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1972 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 39522 91.75 %-
all-43430 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.26 Å2 / Biso mean: 30.148 Å2 / Biso min: 16.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20.38 Å20.12 Å2
2--1.5 Å2-0.62 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4308 0 67 189 4564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4426477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.345616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0225.215209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.76215966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9161518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.52849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27524676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24931928
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.634.51775
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 87 -
Rwork0.258 1982 -
all-2069 -
obs--65.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32091.49810.44562.28091.46761.7415-0.0686-0.13470.3759-0.0848-0.13330.3938-0.2782-0.31280.2018-0.04010.0504-0.0436-0.03690.00710.0597-6.54616.150.323
21.6437-0.4718-0.29571.7650.92831.85550.00180.2158-0.1017-0.0518-0.0350.02120.1217-0.03750.0331-0.13010-0.0033-0.06530-0.113-17.47142.722-11.157
34.73942.09271.38454.13550.64292.44180.0173-0.2089-0.01330.4455-0.0293-0.15210.10840.15530.012-0.0354-0.0156-0.0131-0.05750.0182-0.1565-11.189-5.1698.84
43.7212-0.97681.20853.78020.45895.3559-0.1414-0.48130.1910.41320.03160.1959-0.4508-0.4180.1098-0.01570.045-0.0240.0171-0.0585-0.057-19.80229.31814.592
54.49-0.0323-1.62942.45620.48525.1574-0.12110.2789-0.3353-0.2890.05520.19470.4734-0.28740.066-0.0226-0.02360.0010.1172-0.0525-0.0548-30.47529.996-26.066
62.5231-2.1324-0.53855.2261-0.10343.72170.15560.46190.1825-0.5364-0.259-0.216-0.16770.19710.1034-0.05210.05950.00550.05230.0523-0.1135-21.80964.37-19.595
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 30
2X-RAY DIFFRACTION1A106 - 142
3X-RAY DIFFRACTION1B3 - 30
4X-RAY DIFFRACTION1B106 - 140
5X-RAY DIFFRACTION1A1
6X-RAY DIFFRACTION1B1 - 144
7X-RAY DIFFRACTION2C3 - 30
8X-RAY DIFFRACTION2C106 - 142
9X-RAY DIFFRACTION2D4 - 30
10X-RAY DIFFRACTION2D106 - 142
11X-RAY DIFFRACTION2C1
12X-RAY DIFFRACTION2D1
13X-RAY DIFFRACTION3A31 - 105
14X-RAY DIFFRACTION4B31 - 105
15X-RAY DIFFRACTION5C31 - 105
16X-RAY DIFFRACTION6D31 - 105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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