+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hsi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of phosphatidylserine synthase Haemophilus influenzae Rd KW20 | ||||||
要素 | Phosphatidylserine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Haemophilus influenzae / phosphatidylserine synthase / CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Phospholipid biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CDP-diacylglycerol-glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase activity / CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase / CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase activity / cardiolipin biosynthetic process / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Li, H. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of phosphatidylserine synthase Haemophilus influenzae Rd KW20 著者: Chang, C. / Li, H. / Buck, K. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hsi.cif.gz | 287.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3hsi.ent.gz | 241.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hsi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3hsi_validation.pdf.gz | 438.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3hsi_full_validation.pdf.gz | 450.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3hsi_validation.xml.gz | 53.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3hsi_validation.cif.gz | 77.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/3hsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/3hsi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53654.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: pssA, HI0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic 参照: UniProt: P44704, CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 60% Tacsimate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 85809 / Num. obs: 85799 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique all: 2107 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 11.549 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.943 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|