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万見
- PDB-3hsh: Crystal structure of human collagen XVIII trimerization domain (T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hsh
タイトルCrystal structure of human collagen XVIII trimerization domain (Tetragonal crystal form)
要素Collagen alpha-1(XVIII) chain
キーワードPROTEIN BINDING / collagen / extracellular matrix / basement membrane / collagen XVIII / trimerization domain / folding / association / chain selection / endostatin / triple helix / Alternative promoter usage / Cell adhesion / Disulfide bond / Glycoprotein / Hydroxylation / Metal-binding / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Collagen chain trimerization / response to hydrostatic pressure / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / notochord development / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / endothelial cell morphogenesis / collagen trimer / collagen fibril organization / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...Collagen chain trimerization / response to hydrostatic pressure / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / notochord development / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / endothelial cell morphogenesis / collagen trimer / collagen fibril organization / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / basement membrane / Integrin cell surface interactions / visual perception / skeletal system development / animal organ morphogenesis / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YefM-like fold - #70 / Domain of unknown function DUF959, collagen XVIII, N-terminal / Collagen alpha-1(XVIII) chain, frizzled domain / Collagen type XV/XVIII, trimerization domain / Domain of Unknown Function (DUF959) / Collagen trimerization domain / Collagenase NC10/endostatin / Collagenase NC10 and Endostatin / : / YefM-like fold ...YefM-like fold - #70 / Domain of unknown function DUF959, collagen XVIII, N-terminal / Collagen alpha-1(XVIII) chain, frizzled domain / Collagen type XV/XVIII, trimerization domain / Domain of Unknown Function (DUF959) / Collagen trimerization domain / Collagenase NC10/endostatin / Collagenase NC10 and Endostatin / : / YefM-like fold / Thrombospondin N-terminal -like domains. / Frizzled / : / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(XVIII) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Boudko, S.P. / Bachinger, H.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human collagen XVIII trimerization domain: A novel collagen trimerization Fold.
著者: Boudko, S.P. / Sasaki, T. / Engel, J. / Lerch, T.F. / Nix, J. / Chapman, M.S. / Bachinger, H.P.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen alpha-1(XVIII) chain
B: Collagen alpha-1(XVIII) chain
C: Collagen alpha-1(XVIII) chain
D: Collagen alpha-1(XVIII) chain
E: Collagen alpha-1(XVIII) chain
F: Collagen alpha-1(XVIII) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,73228
ポリマ－38,6546
非ポリマー2,07822
水4,972276
1
A: Collagen alpha-1(XVIII) chain
B: Collagen alpha-1(XVIII) chain
C: Collagen alpha-1(XVIII) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,93220
ポリマ－19,3273
非ポリマー1,60517
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-122.7 kcal/mol
Surface area9230 Å2
手法PISA
2
D: Collagen alpha-1(XVIII) chain
E: Collagen alpha-1(XVIII) chain
F: Collagen alpha-1(XVIII) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7998
ポリマ－19,3273
非ポリマー4725
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-63.3 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
3
A: Collagen alpha-1(XVIII) chain
B: Collagen alpha-1(XVIII) chain
C: Collagen alpha-1(XVIII) chain
D: Collagen alpha-1(XVIII) chain
E: Collagen alpha-1(XVIII) chain
F: Collagen alpha-1(XVIII) chain
ヘテロ分子

A: Collagen alpha-1(XVIII) chain
B: Collagen alpha-1(XVIII) chain
C: Collagen alpha-1(XVIII) chain
D: Collagen alpha-1(XVIII) chain
E: Collagen alpha-1(XVIII) chain
F: Collagen alpha-1(XVIII) chain
ヘテロ分子

A: Collagen alpha-1(XVIII) chain
B: Collagen alpha-1(XVIII) chain
C: Collagen alpha-1(XVIII) chain
D: Collagen alpha-1(XVIII) chain
E: Collagen alpha-1(XVIII) chain
F: Collagen alpha-1(XVIII) chain
ヘテロ分子

A: Collagen alpha-1(XVIII) chain
B: Collagen alpha-1(XVIII) chain
C: Collagen alpha-1(XVIII) chain
D: Collagen alpha-1(XVIII) chain
E: Collagen alpha-1(XVIII) chain
F: Collagen alpha-1(XVIII) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,927112
ポリマ－154,61724
非ポリマー8,31188
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area81780 Å2
ΔGint-972 kcal/mol
Surface area46970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.745, 71.745, 134.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-55-

SO4

21B-59-

GOL

31C-70-

HOH

41C-254-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Collagen alpha-1(XVIII) chain / Endostatin


分子量: 6442.368 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1441-1496 / 変異: A1441G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL18A1 / プラスミド: pET23d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39060
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 1.65M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.106 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月24日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.106 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.09 Å / Num. obs: 33455 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 4788 / Rsym value: 0.464 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
Blu-IceIceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→40.524 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 3336 9.98 %RANDOM
Rwork0.1747 ---
all0.1823 ---
obs0.1795 33423 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.682 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2706 0 119 276 3101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82580.2641330.19971219X-RAY DIFFRACTION99
1.8258-1.8530.20531310.18781231X-RAY DIFFRACTION100
1.853-1.8820.23221250.17491251X-RAY DIFFRACTION100
1.882-1.91290.25561600.18371200X-RAY DIFFRACTION100
1.9129-1.94580.21751590.18311210X-RAY DIFFRACTION100
1.9458-1.98120.24261260.1751246X-RAY DIFFRACTION100
1.9812-2.01930.23081190.16811227X-RAY DIFFRACTION100
2.0193-2.06050.24011290.17691258X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.10530.21431280.16181246X-RAY DIFFRACTION100
2.1053-2.15430.21041360.15881227X-RAY DIFFRACTION100
2.1543-2.20820.22811430.16451240X-RAY DIFFRACTION100
2.2082-2.26790.20581320.16151234X-RAY DIFFRACTION100
2.2679-2.33460.23561640.17491223X-RAY DIFFRACTION100
2.3346-2.410.22351500.16491243X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.49610.21741370.17161234X-RAY DIFFRACTION100
2.4961-2.5960.23621530.17971240X-RAY DIFFRACTION100
2.596-2.71410.22341110.18521270X-RAY DIFFRACTION100
2.7141-2.85720.21131250.18141279X-RAY DIFFRACTION100
2.8572-3.03610.24511490.1831252X-RAY DIFFRACTION100
3.0361-3.27050.20991390.16891282X-RAY DIFFRACTION100
3.2705-3.59940.18161370.14781277X-RAY DIFFRACTION100
3.5994-4.11980.22161380.15221298X-RAY DIFFRACTION100
4.1198-5.18880.19231560.14641307X-RAY DIFFRACTION100
5.1888-40.53460.26521560.21611393X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43230.0374-0.23140.69470.0250.55820.0026-0.04-0.01610.0275-0.00980.0050.02510.04420.01470.04610.0034-0.00020.05680.01740.095119.114420.98916.0246
21.0430.26410.26860.7417-0.0844-0.50960.0432-0.6209-0.15320.3354-0.0567-0.07750.0811-0.07950.01240.36560.04510.01960.50080.11430.10419.021321.014750.3322
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain B or chain C
2X-RAY DIFFRACTION2chain D or chain E or chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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