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万見
- PDB-3hrr: The Product Template Domain from PksA with Harris Compound Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hrr
タイトルThe Product Template Domain from PksA with Harris Compound Bound
要素Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase
キーワードTRANSCRIPTION / PksA / aflatoxin / norsolorinic acid / polyketide / polyketide synthase / PKS / iterative Type I PKS / Harris Compound / hot-dog fold / Acyltransferase / Multifunctional enzyme / Phosphopantetheine / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


noranthrone synthase / aflatoxin biosynthetic process / norsolorinate anthrone synthase activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Polyketide product template domain / Polyketide synthase dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / CurL-like, PKS C-terminal / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Thioesterase / Thioesterase domain / : ...Polyketide product template domain / Polyketide synthase dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / CurL-like, PKS C-terminal / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Thioesterase / Thioesterase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HC8 / Norsolorinic acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus parasiticus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Korman, T.P. / Tsai, S.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structural basis for biosynthetic programming of fungal aromatic polyketide cyclization.
著者: Crawford, J.M. / Korman, T.P. / Labonte, J.W. / Vagstad, A.L. / Hill, E.A. / Kamari-Bidkorpeh, O. / Tsai, S.C. / Townsend, C.A.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase
B: Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0644
ポリマ－78,4872
非ポリマー5772
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5322
ポリマ－39,2441
非ポリマー2881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5322
ポリマ－39,2441
非ポリマー2881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.809, 90.609, 90.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase / PKS


分子量: 39243.543 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1305-1660 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus parasiticus (カビ) / 遺伝子: PksA, pksL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12053
#2: 化合物 ChemComp-HC8 / 1-(3-acetyl-4,5-dihydroxy-7-methoxynaphthalen-2-yl)propan-2-one


分子量: 288.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.22 M Ammonium Acetate, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月4日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymmetric cut 12.2 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 58378 / Num. obs: 57678 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 30.643
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.975.10.28951590.94989.7
1.97-2.056.50.23356870.98498.6
2.05-2.147.30.18357340.972100
2.14-2.257.40.14257831.034100
2.25-2.397.40.11857970.969100
2.39-2.587.40.09958050.949100
2.58-2.847.40.0858350.98999.9
2.84-3.257.30.06858340.99499.9
3.25-4.097.10.04359030.92799.9
4.09-5070.02761411.082100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HRQ

3hrq


解像度: 1.9→44.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.867 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2916 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 57591 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.51 Å2 / Biso mean: 25.291 Å2 / Biso min: 8.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4954 0 42 392 5388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.9596901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9795627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.66323.652230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61915862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4421536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23440
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1721.53239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89925071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65132159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3324.51830
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 162 -
Rwork0.222 3559 -
all-3721 -
obs--87.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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